一、中国红鲤四群体线粒体DNA遗传多样性、起源及分化（论文文献综述）
徐岩[1]（2020）在《中国沿海相手蟹分子系统及红树林两种蟹类分子系统地理学研究》文中研究表明中国沿海相手蟹科（Sesarmidae）蟹类的分类问题较多,为厘清其种类乃至属间的系统关系,特运用线粒体DNA的COI和16S r RNA基因对中国沿海相手蟹进行了分子系统分析;以线粒体COI基因作为分子标记,针对中国沿海红树林中的两种重要蟹类即弧边招潮（Uca arcuata）和近亲拟相手蟹（Parasesarma affine）的不同地理群体,对它们的群体遗传结构、系统地理格局及幼体扩散对其遗传结构的影响进行系统分析,从而了解现有种群分布格局形成的历史原因和演化过程,比较种间进化历程的异同,探讨更新世冰期地质和气候对其种群进化历史的影响,进而阐明历史因素、环境因素及蟹类自身生态习性对其群体遗传结构和系统地理分布模式的影响规律。主要结果如下:相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科（Grapsoidea）分类中疑问较多的一个类群。对中国沿海相手蟹线粒体COI和16S r RNA基因序列进行分子系统发育分析的结果表明,14种相手蟹COI和16S r RNA基因序列之间差异分别为5.7%～14.5%和1.5%～12.1%,均达到了种间差异水平;构建的系统发育树显示,14种相手蟹分别为独立有效物种,但分属于拟相手蟹属（Parasesarma）和近相手蟹属（Perisesarma）的4种拟相手蟹和3种近相手蟹没有分别形成2个独立的支系,而是混合聚成1大支系;而属于螳臂相手蟹属（Chiromantes）的无齿螳臂相手蟹（C.dehaani）则首先与属于中相手蟹属（Sesarmops）的中华中相手蟹（S.sinensis）聚成1支,再与红螯螳臂相手蟹（C.haematocheir）聚为1大支,表现出与形态分类的不一致;错综复杂的分子系统关系预示着相手蟹类为多系起源,也表明它们之间的种间关系乃至于属间关系尚有诸多问题有待进一步厘定。弧边招潮14个群体293个个体的线粒体COI基因片段序列长度为642bp,共有121个单倍型,群体的单倍型多样度（h）和平均核苷酸多样度（π）分别为0.8879±0.1045和0.0428±0.0234,表现为弧边招潮具有高水平的遗传多样性。单倍型邻接关系树和单倍型网络关系图显示,弧边招潮在黄海、东海和南海分布范围内分化出A和B两个单倍型世系,世系A的95个单倍型除1个单倍型外其余94个全部分布于东海和南海,而世系B的单倍型则黄海、东海和南海均有分布,世系A和世系B的分化时间大约在50.4万年前。AMOVA分析和FST值分析结果表明,弧边招潮群体在分布范围内存在着一定的遗传分化,但黄海组群和东海-南海组群之间的遗传差异非常明显,显示两组群之间存在显着的遗传分化,形成了显着的遗传结构;这可能与弧边招潮的幼体具有喜欢高盐水域和喜欢停留在其原栖息地潮滩的生活习性以及黄海与东海-南海组群间存在长江冲淡水所形成的地理屏障有关。中性检验与核苷酸不配对分布的研究结果揭示,弧边招潮世系A和世系B均经历了明显的群体扩张。近亲拟相手蟹12个群体222个个体的线粒体COI基因片段序列长度为612bp,共有40个单倍型,群体单倍型多样度为0.5089±0.0419,平均核苷酸多样度为0.0203±0.0171,表现为中等水平的遗传多样性。单倍型邻接关系树的拓扑结构显示近亲拟相手蟹群体没有分化出来明显的单倍型类群,尚未形成显着的分支谱系;单倍型的网络关系图呈现出明显的星状结构,即以主体单倍型为中心,其余单倍型呈星状排列在其周围。AMOVA分析（遗传变异主要来自群体内而非群体间）和FST值分析(两两群体间的FST值统计检验都不显着)结果表明,近亲拟相手蟹群体在分布范围内没有显着的遗传结构,不存在地理隔离模式,群体间的遗传分化水平较低。核苷酸不配对分布和中性检验结果表明,近亲拟相手蟹大约在51 000年前经历了群体扩张事件。
唐容[2]（2020）在《任河和大宁河多鳞白甲鱼生物学及遗传学特征的比较研究》文中研究说明多鳞白甲鱼（Onychostoma macrolepis）是已知的鲃亚科鱼类中唯一能够广泛分布到长江以北黄河、淮河、海河水系的一个种,在重庆境内仅任河和大宁河有分布。本研究于2019年7月至10月在任河和大宁河采集多鳞白甲鱼,共374尾,采用常规生物学方法、传统形态学、多变量形态度量学方法、二代测序技术等对这两条河流多鳞白甲鱼的年龄和生长特性、形态学和遗传学特征进行了比较研究。以期为全面了解多鳞白甲鱼在两条河流的表型适应性特征提供基础资料,同时也为我国多鳞白甲鱼的野生资源保护和群体动态监测提供技术支撑,主要研究结果有以下3个方面:1.首先,多鳞白甲鱼的鳞片为圆鳞,年轮围绕鳞焦呈闭合同心圆排列,年轮特征主要表现为典型的切割型,适合5龄及以下鱼类的鉴定;多鳞白甲鱼主鳃盖骨为近似不规则四边形,表面轮纹平行排列,在自然光下,处理好的鳃盖骨上明暗相间的环纹肉眼可见,但部分低龄个体副轮较多;多鳞白甲鱼的椎骨为双凹型,在解剖镜下用入射光观察,可以清楚的看到椎骨上明暗交替的同心环纹,且适合10龄以下鱼类的鉴定。脊椎骨年龄读数的总吻合率高于鳞片和鳃盖骨的总吻合率。脊椎骨与鳃盖骨的吻合率为81.77%,与鳞片的吻合率较高,为89.81%。因此,在本研究三种年龄鉴定材料中,脊椎骨为多鳞白甲鱼年龄鉴定的最佳材料。多鳞白甲鱼任河群体共7个年龄组,且最大年龄为7龄,对应的体长最大值为221.8 mm,体重最大值为192.2 g;多鳞白甲鱼大宁河群体共9个年龄组,且最大年龄为10龄,对应的体长最大值为261.8 mm,体重最大值为251.8 g。两个群体的优势年龄组均为2龄,任河群体2龄个体占总样本的45.6%;大宁河群体2龄个体占总样本的50.8%。多鳞白甲鱼任河群体和大宁河群体的体长（L）和体重（W）关系表现为异速生长,任河群体:Wt=1.492×10-5L3.010（R2=0.969,n=250）,大宁河群体:Wt=0.471×10-5L3.219（R2=0.984,n=124）,用Von Bertalanffy方程描述两个群体的生长特性,任河群体:Lt=341.722[1-e-0.126（t+1.266）],Wt=631.506[1-e-0.126（t+1.266）]3.010;大宁河群体:Lt=371.053[1-e-0.106（t+1.647）],Wt=879.170[1-e-0.106（t+1.647）]3.219。估算多鳞白甲鱼任河群体和大宁河群体的拐点年龄分别为4.44龄和5.06龄,任河群体对应的体长和体重分别为175.2 mm、84.6 g;大宁河群体对应的体长和体重分别为188.8 mm、99.9 g。2.其次,分别对采自任河的158尾和大宁河的108尾多鳞白甲鱼样本进行形态学数据采集,共测量19项可量性状和14项框架结构性状,并对7项可数性状进行计数。独立样本T检验结果显示:两个群体之间共有3个可数性状和24个形态学度量指标存在着显着性差异（P<0.05）;差异结果表明,虽然两群体的最高差异系数达0.962,但是两个群体的表观形态差异未达到亚种的水平;主成分分析结果显示,从33组校正后的形态学度量指标提出的前8个主成分累积贡献率为64.1%,其中头部和鳍条的长度对两群体间的差异贡献率较大;判别分析筛选出了14个对区分两个群体贡献较大的形态学量度指标,并建立了两个群体的判别函数式,经判别得出两群体的综合判别正确率为97.0%。3.最后,通过二代测序平台、软件拼接技术对两个群体各3尾（共6尾,RH.1、RH.2、RH.3、DNH.1、DNH.2、DNH.3）多鳞白甲鱼线粒体基因组全序列进行测序和分析。6个样品的序列全长介于1655716559 bp之间,线粒体基因组构成基本一样,一共编码37个基因:即13个m RNA基因、2个r RNA基因和22个t RNA基因（16S r RNA,12S r RNA）,另外还有1个非编码控制区（D-loop区）。6个样品除了D-loop区的序列长度不一致外,其余基因序列长度均相等,蛋白质编码基因长度为11409 bp;t RNA编码基因长度为1563 bp;r RNA编码基因长度为2582 bp。6个样品T、C、A、G碱基含量近乎相同,A碱基含量最高,介于31.27%31.29%之间;G碱基含量最低,大多数样本均为16.21%,仅1个样本为16.19%;AT的含量为55.80%左右,明显高于GC含量（约44.19%）,表明多鳞白甲鱼线粒体基因组具有AT偏好性。对6个样本的线粒体全基因序列进行比较,结果显示:两个群体个体之间的遗传距离介于0.00280.0127,群体内个体间的遗传距离介于0.00000.0109,表明两个群体个体间亲缘关系非常接近,未达到亚种分化的水平。依据现有研究结果,使用22种鱼类（包括同属鱼类8种）的线粒体基因组全序列构建系统发生树,结果显示在白甲鱼属类群进化体系中,台湾白甲鱼是最早独立分化出来的鱼种,多鳞白甲鱼与细长白甲鱼、粗须白甲鱼,小口白甲鱼聚为一大支,与小口白甲鱼亲缘关系最近,与高体白甲鱼和稀有白甲鱼亲缘关系最远。
郭飏[3]（2016）在《新疆裸重唇鱼线粒体DNA遗传多样性及线粒体DNA控制区异质性研究》文中进行了进一步梳理本文通过对新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区部分序列以及细胞色素b基因部分序列进行遗传标记,结合线粒体DNA D-loop区存在的异质性,对新疆开都河、巩乃斯河、玛纳斯河以及喀什河四条河流4个野生新疆裸重唇鱼群体进行遗传多样性研究,为新疆裸重唇鱼种质资源保护提供理论基础,结论如下:1.在鲤、细鳞裂腹鱼已识别部分保守序列的基础上,针对新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区序列测定后识别了其终止序列区TAS、中央保守区CD、保守序列区CSB以其界限。通过与鲤、细鳞裂腹鱼之间对比,对这三者碱基组成进行了分析,在新疆裸重唇鱼中新识别了三个串联重复序列,与鲤、细鳞裂腹鱼相比新疆裸重唇鱼出现了较少的碱基缺失。2.对开都河、玛纳斯河、喀什河、巩乃斯河4个新疆裸重唇鱼群体,提取其线粒体DNA D-loop区部分序列,得到748 bp左右的同源序列74条。其中检测到13个单倍型,变异位点20个。新疆裸重唇鱼群体平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为Hd=0.864±0.196,Pi=0.03112±0.030475。群体间FST分析显示,玛纳斯河群体与其他群体间存在较大分化（FST>0.15）,而其他群体间分化程度较低（0.05<FST<0.15）。Nm值显示,巩乃斯河群体与喀什河群体间存在极大的基因交流（Nm=1.6616）。分子系统树和单倍型网络图分析表明,玛纳斯河群体与其他群体间的单倍型关系较远,其他群体的单倍型间关系较近。3.利用线粒体DNA Cytb基因的部分序列对开都河、玛纳斯河、喀什河以及巩乃斯河的野生新疆裸重唇鱼的4个群体多样性与种群遗传结构进行分析。结果表明:在74个个体中检测到9个单倍型,变异位点15个,其中开都河21个个体检测到1个变异位点,巩乃斯河27个个体检测到10个变异位点,喀什河2个个体检测到5个变异位点,玛纳斯河24个个体检测到9个变异位点。新疆裸重唇鱼群体平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为Hd=0.810±0.062和Pi=0.0059±0.0038。群体间FST分析显示,玛纳斯河群体与其他三个群体间存在较大分化（FST>0.15）,而其他群体间分化程度较低。（0.05<FST<0.15）。Nm值显示,巩乃斯河群体与喀什河群体间存在极大的基因交流。分子系统树和单倍型网络图分析表明,新疆玛纳斯河群体与其他群体间的单倍型关系较远,其他群体间的单倍型关系较近。4.从线粒体DNA D-loop区筛选后的12个单倍型中各选取一个样本,针对每个样本6个组织:肌肉、鳍条、鳃、皮肤、眼睛、肝脏,研究其点异质性和长度异质性。三个不同群体线粒体DNA D-loop区点异质性研究表明,点异质性在不同群体中发生的频率相差不多,点异质性存在于肌肉中的频率最高,肝脏组织频率次之,除肌肉组织外只有一个点异质性发生于肝脏组织中,变异位点和突变碱基类型与肌肉相同。这与相关法医学有关异质性研究报道中的异质性的高发“热点”相同,即肌肉组织中发生频率最高。三个不同群体线粒体DNA D-loop区长度异质性研究表明:线粒体D-loop区5’端均存在串联重复序列TR1、TR2、TR3,其中在TR3中识别了TAS保守序列:TACAT,在TR1上游的TACAT与TR3中识别的TAS序列,可以形成稳定的发卡结构。在不同个体不同组织共计72个样本中共存在9种不同的串联重复序列,这9种不同串联重复序列的自由能最小为2.8kcal/mol,最大为0.6kcal/mol。其中a型的二级结构最为稳定,而b、f型的二级结构自由能最大,其结构不稳定。5.新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区、Cytb基因及控制区异质性研究表明,新疆裸重唇鱼玛纳斯河、喀什河群体的遗传多样性较低,其中玛纳斯河出现了一定程度地分化。除此之外新疆裸重唇鱼整体种质资源状况较差,保护新疆裸重唇鱼群体已经刻不容缓。
刘念[4]（2016）在《我国6个鲤群体遗传变异分析》文中研究指明为了探究目前我国鲤种质资源现状,了解不同鲤群体间的遗传差异,进而为鲤的良种选育奠定基础。本文选取了我国4个野生鲤群体和2个人工选育鲤群体为研究对象,其中以野生清水江鲤群体为主要研究目标。利用微卫星标记和D-loop序列变异,分别对6个鲤群体的遗传多样性及遗传变异进行分析。本文的主要研究结果如下:1.我国6个鲤群体的D-loop序列遗传变异分析对4个野生鲤群体（太湖TH、清水江QSJ、黑龙江HLJ和黄河HH）和2个选育鲤群体（福瑞鲤FRL和松浦鲤SPL）共计185尾个体的D-loop区进行遗传变异分析。发现D-loop序列（931bp）中共存在36个变异位点,27个单倍型;其中QSJ群体单倍型数最多;FRL和SPL群体分别存在1个优势单倍型,占有率为93%和80%。除了SPL群体与HLJ群体遗传分化不显着（P>0.05）,其余群体间均呈极显着分化状态（P<0.01）。基于遗传距离的NJ树显示,FRL和HH群体首先聚类,然后依次与其他鲤群体聚类。分子方差分析显示,群体间遗传变异极显着（P<0.01）,占总变异的35.59%。Tajima’s中性检测发现,仅FRL群体存在显着的群体扩增现象（P<0.05）。研究结果表明:QSJ和TH群体具有较高的遗传多样性,推测具有进一步选育利用的遗传潜力;2个选育群体遗传纯度较高,其中FRL作为鲤的优良养殖品种,在广泛的推广应用中呈现群体扩增现象。2.我国6个鲤群体的微卫星遗传变异分析利用14对微卫星标记对以上6个鲤群体进行遗传分析。共检测到374个等位基因。研究结果表明,选育群体的遗传多样性普遍低于野生群体,其中松浦鲤群体的遗传多样性参数平均值最低（平均等位基因数Na、表观杂合度Ho、香农指数I和多态信息含量PIC分别为3.77、0.457、0.88和0.397）,清水江鲤群体的遗传参数平均值最高（Na=20.07,Ho=0.799,I=2.65,PIC=0.889）。分子方差分析显示:变异来源主要存在于群体内部（91.49%）;鲤群体两两间存在极显着的遗传分化（P<0.01）。遗传距离对比发现,野生鲤群体和人工选育的鲤群体间遗传距离最大,而且聚类图表明,野生群体首先聚类再与人工选育群体依次聚类;遗传结构图显示选育群体的遗传结构相对单一。通过遗传瓶颈效应检测发现,QSJ、TH、HHL和FRL群体显着偏离突变-漂变平衡,推测这些群体近期可能经历了遗传瓶颈,需要加强保护。3.清水江鲤形态差异和基于微卫星标记的遗传多样性分析对192尾清水江鲤的表型变异及分子遗传信息进行了分析。形态学分析发现试验个体的表型差异较大,各体态特征值存在不同程度的变异,其中体质量的变异系数最大（38.0%）;利用12对微卫星标记对清水江鲤群体的遗传多样性进行分析,研究发现12个位点的等位基因数介于521（均值为10）,有效等位基因数介于3.6215.25（均值为8.37）,表观杂合度介于0.240.91（均值为0.54）,期望杂合度介于0.730.94（均值为0.86）,多态性信息含量介于0.680.93（均值为0.84）。结果表明,清水江鲤群体表现出较高的遗传多样性水平。根据遗传结构分析结果,依据遗传来源将所有个体划分为3个遗传区组。对区组间的表型差异分析发现,区组1与区组2在背鳍硬棘、侧线鳞和侧线上鳞等3性状间存在显着差异（P<0.05）,区组1与区组3之间在尾柄长/体长存在显着差异（P<0.05）。对3个区组的遗传结构分析表明,清水江鲤群体内部存在明显的遗传分化。故此,在对其种质资源的保护和利用的过程中,应当引起重视,做好甄选提纯工作。
程蓓蓓[5]（2016）在《中国红豆杉属分子谱系地理学与遗传多样性研究》文中研究表明中国的红豆杉属（Taxus L.）植物资源丰富,分布广泛,中国植物志（1999）中记载有三种两变种。由于人们过度开发利用,已经处于濒危状态。因此了解红豆杉属植物天然群体的遗传多样性及遗传结构对于评价和保护红豆杉属的遗传资源具有重要理论价值。红豆杉属植物是第三纪孑遗物种,因此分子谱系地理学研究将为研究红豆杉属遗传多样性形成机制及推断该属物种迁移演化历史提供依据。本论文选取全中国范围内的红豆杉属各种典型分布区植物样本,开发并筛选出富含多态性的微卫星标记用于不同种群遗传多样性及遗传结构分析,同时开展了基于4个质体DNA序列片段和1个核基因片段的基因变异来分析国内现存5种红豆杉（包括变种）的谱系地理关系及遗传多样性水平,从而推测种群的历史动态,为制定遗传资源的保护策略提供理论依据。主要研究成果如下:（1）红豆杉属植物64个种群具有较高水平遗传多样性。联合的叶绿体序列片段得到44个单倍型,总的单倍型多样性Hd=0.7368,总的核苷酸多态性π=0.00396;线粒体基因片段检测出6种单倍型,整体的单倍型多态性Hd=0.4660,核苷酸多态性π=0.00066,HT=0.451。其中,东北红豆杉HT=0.662,须弥红豆杉复合类群HT=0.819;基于ITS基因序列检测出73种单倍型,总体水平的单倍型多样性Hd=0.9143,核苷酸多样性π=0.00891,总的遗传多样性HT=0.813。其中,东北红豆杉HT=0.750,须弥红豆杉复合类群HT=0.831;12对SSR引物检测我国红豆杉41个种群的遗传多样性,共检测288个等位基因,平均每个等位基因数为19.244个,平均期望杂合度He=0.479,且群体内的基因多样度（Ht）的平均值为0.498大于群体间的基因多样度（Hs）的平均值为0.282。综合比较,西南地区的横断山区和秦岭-大巴山区表现出高的遗传多样性,华东地区和华中地区及东北长白山区均表现相对较低的遗传多样性。（2）AMOVA分析遗传结构表明,基于质体DNA序列分析结果为种群间遗传变异显着大于种群内的遗传变异,而基于核基因（ITS序列和nrSSR标记）分析结果为种群内的遗传变异大于种群间遗传变异水平。主要因为国内红豆杉属植物为雌雄异株,其叶绿体DNA和线粒体DNA都是父系遗传,表现花粉流,而因其无花粉囊的花粉结构及处于林下次层林的特征,阻碍了花粉的传播而限制了花粉流,使得种群间变异大于种群内的遗传变异。而核基因遗传表现为种子流,红豆杉属植物的果实味道香甜,颜色鲜艳,深得部分鸟类的喜爱,从而得到长距离传播,促进了种子流,而降低了种群间的分化。（3）本研究检测到了红豆杉属植物的种群具有明显的谱系结构（核基因:GST=0.412,NST=0.792;叶绿体基因:GST=0.7840,NST=0.8280）,NST均显着大于GST（P<0.001）,从单倍型的严格一致性树和network图也可以看出,不同地区的单倍型得到较好的聚类,且Mantel检验结果也表明,红豆杉属植物的种群间的遗传距离与地理距离之间有显着的相关性,这也就表明红豆杉属植物的种群间也存在一定的地理隔离影响,这也是红豆杉属植物的种群间遗传分化和具有明显的谱系地理格局的重要原因。（4）种群历史上是否经历过扩张的检验结果表明,Tajima’s D检验表明符合中性突变进化,而失配分析的结果也未检测到红豆杉属植物种群经历过近期扩张,只有长白山区的失配分析曲线图表现为单峰,说明长白山区的种群可能经历了扩张。而从本研究所得的单倍型分布规律上看,主要存在两种形式,其一很多种群都具有其独特单倍型,其二,一些种群共享同一种单倍型,这些很有可能表明红豆杉分布区经历过异域片段化,存在多个避难所。
梁勇,康乐,姜庆林,张细权[6]（2015）在《中国家鸡多起源及相关分子生物学研究》文中进行了进一步梳理中国家鸡起源和遗传分化的研究有助于了解我国家鸡品种资源种质特性,并开展其保存与发展工作。本文结合家鸡起源的考古学、古生态学及社会学依据,利用分子生物学方法对我国家鸡多起源、功能性分化及可能存在的遗传背景进行了阐述。认为红色原鸡不同亚群间的线粒体DNA多态性分析将有利于在家鸡群体中确定原始单倍型;同时,我国家鸡多起源研究时应注重对北方品种的分析,且分析方法上应注重以单倍型簇为单位的频率分析;我国山东和河南及周边地区可能是我国家鸡独立起源的区域及南方家鸡受到东南亚品种影响。
郑真真[7]（2014）在《全球大青鲨种群遗传结构的初步研究》文中认为大青鲨（Prionace glauca）是金枪鱼延绳钓的主要兼捕对象，是目前世界上被捕杀最多的鲨鱼品种之一，并在海洋生态系统中处于重要地位，开展大青鲨种群遗传结构的研究有助于人们更好的理解大青鲨的资源状况，维持大青鲨资源的可持续发展。本文根据2010年9月-2012年2月我国远洋捕捞船外海作业期间在赤道附近海域采集的大青鲨样本，利用线粒体DNA的D-loop区（控制区）和COI基因的部分序列为分子标记来研究其种群遗传结构和遗传多样性，主要结果如下：（1）利用线粒体DNA的D-loop区（控制区）的694bp部分序列，分析了来自中东太平洋、中西太平洋、中东大西洋、西南大西洋和印度洋5个海域的165个个体的序列多样性与种群遗传结构。结果显示：测定165尾大青鲨mtDNA控制区片段长为694bp，共得到110个变异位点，定义了145个单倍型，碱基组成为A：33.46%，T：36.40%，C：18.61%，G：11.53%，G+C含量为30.14%。单倍型多样性指数（Hd）在各个采样点都较高，平均值为0.9973±0.0014，核苷酸多样性指数（π）为0.01510±0.00091，这表明大青鲨群体的遗传多样性很高，遗传资源丰富。分子方差分析揭示99.28%的遗传变异性出现在种群内，0.72%的遗传变异来自于种群间；采用邻接法构建的系统发育树表明5个群体间未形成显着的遗传结构，群体间的高基因交流值Nm和低分化指数Fst揭示三大洋群体间基因交流频繁，不存在显着的遗传分化，遗传多样性较高。（2）对全球8个采样位点的242尾大青鲨线粒体DNA的细胞色素氧化酶亚基I（COI）基因的721bp的部分序列进行检测，结果显示：721bp片段中发现了22个多态性变异位点，242个个体定义了21个单倍型。碱基组成为T：36.42%，C：20.72%，A:26.91%，G：15.95%。序列多样性分析结果显示，242个个体的平均单倍型多样性指数为0.644，核苷酸多样性指数为0.00123。分子方差分析揭示，96.07%的遗传变异性出现在种群内，3.93%的遗传变异来自于种群间；基于COI单倍型构建的系统进化树和单倍型网络揭示三大洋的8个群体间未形成显着的遗传结构，群体间的高基因交流值Nm和低分化指数Fst揭示三大洋群体间基因交流频繁，不存在显着的遗传分化；核苷酸错配分布呈明显的单峰分布，暗示大青鲨在近期经历了群体扩张事件，Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验表明扩张过程中群体显着偏离中性。（3）线粒体DNA控制区（D-loop区）的多态性分析结果与COI基因序列多态性分析结果存在一些差异。两者都认为三大洋的大青鲨为一个随机交配的群体，各个采样点间基因交流频繁并且遗传多样性水平都呈下降趋势。但与D-loop区片段相比，基于COI基因的分析结果更好地揭示了种群之间的差异，此研究结果可为大青鲨资源的管理和保护提供理论依据，具有一定的理论和现实意义，为大青鲨种群资源的合理开发和利用，以及建立相关的渔业保护区提供必要的参考资料。
陈永祥[8]（2013）在《四川裂腹鱼（Schizothorax kozlovi Nikolsky）种质特征及其遗传多样性研究》文中进行了进一步梳理四川裂腹鱼（Schizothorax kozlovi Nikolsky）隶属鲤形目、鲤科、裂腹鱼亚科、裂腹鱼属,主要分布于长江上游的乌江上游、赤水河上游、金沙江、雅砻江水系,是长江上游特有的地方经济鱼类。近年来由于遭受酷鱼滥捕和生境严重破坏的影响,其天然资源量已十分稀少。本文通过对乌江上游水系四川裂腹鱼形态特征、生长特点、肌肉营养成分、同工酶、核型和mtDNA标记等的研究,描述其种质特性,以期为制定该鱼种质标准提供基础资料,为保护、开发和利用野生四川裂腹鱼资源提供科学依据。主要研究结果如下：1.对采自乌江上游总稽河段、横江洛泽河上游支流羊街河段、金沙江干流攀枝花段、雅砻江上游雅江段等4个河段的78尾四川裂腹鱼标本进行性状分析,结果表明：各河段间,四川裂腹鱼种群的可数性状和可量比例性状存在不同程度的差异（P<0.05）；4个河段四川裂腹鱼与采自岷江上游青衣江雅安段的31尾重口裂腹鱼标本进行比较,发现二者可数性状、可量比例性状和框架结构比较,多数指标差异极显着（P<0.01）,不支持将二者合并为一个种。2.分别选择臀鳞、鳃盖骨、脊椎骨和耳石作为年龄鉴定材料,对四川裂腹鱼进行年龄鉴定。结果表明,与其它材料相比,耳石上呈现的年轮最为明显、清晰,几乎没有副轮,是较好的年龄鉴定材料。根据退算法原理,通过数学统计方法对乌江上游总稽河段50尾四川裂腹鱼的生长性能进行初步研究。结果表明：四川裂腹鱼体长（L,mm）与鳞径（R,mm）的关系式为L=27.009676R+107.260658（r=0.9591, N=50）;体长（L,cm）和体重（W,g）的关系式为W=0.00002L2.9657（r=0.9719,N=50）；3龄及以下的个体生长较快。3.测定了25尾四川裂腹鱼和26尾昆明裂腹鱼的肌肉成分,以了解和比较其种质特性。结果表明：四川裂腹鱼肌肉中蛋白质、脂肪、灰分含量分别为15.49%、1.03%和1.06%；肌肉中不饱和脂肪酸含量占脂肪酸总量的71.72%；18种氨基酸总含量75.20%（占肌肉干重）,其中必须氨基酸含量为31.95%,占氨基酸总量的42.51%,鲜味氨基酸含量达30.03%,占氨基酸总量的39.97%。与昆明裂腹鱼的肌肉成分无显着差异。4.对四川裂腹鱼9种组织（眼球、肌肉、心脏、性腺、肝脏、鳃、脾脏、肾脏、大脑）进行了5种同工酶（乳酸脱氢酶-LDH、苹果酸脱氢酶-MDH、谷氨酸脱氢酶-GDH、乙醇脱氢酶-ADH、酯酶-EST）的研究,并对几种酶的同工酶位点及酶谱进行了分析,结果表明：四川裂腹鱼9种组织的5种同工酶系统具有明显的组织特异性。5.本试验采用植物血细胞凝集素（PHA）体内注射法,对四川裂腹鱼染色体核型进行初步研究,结果表明：四川裂腹鱼标本的染色体数2n=96,核型公式为：2n=36m+16sm+10st+34t,臂数NF=148。未发现异形性染色体、随体染色体及次级缢痕。6.本试验采用PCR扩增和直接测序法分析了乌江上游总稽河段、横江洛泽河上游支流羊街河段、金沙江干流攀枝花段、雅砻江上游雅江段的四川裂腹鱼4个种群,92尾个体mtDNA控制区的序列差异和遗传多样性。在这4个种群ntDNA控制区长度为834bp的同源序列中,共计有84个变异位点,占所测序列的10.07%。在其控制区序列共鉴定出32个单倍型。其中雅砻江种群内平均遗传距离（P）为0.030,攀枝花种群内平均遗传距离（P）为0.0240,总稽河种群内平均遗传距离（P）为0.007,羊街河种群内平均遗传距离（P）为0.0040。4个种群的平均核苷酸多样性（π）为0.02244,平均单倍型多样性（h）为0.951。四个种群中,羊街河种群具有最低的单倍型多样性和核苷酸多样性（h=0.704,π=0.00302）；攀枝花河段种群具有最高的单倍型多样性（h=0.945）；雅砻江河段种群具有最高的核苷酸多样性（π=0.02430）。本研究AMOVA分析结果显示,四川裂腹鱼群体遗传变异主要发生在种群间（50.16%）,而种群内的遗传变异相对较小（49.84%）。7.不同种群间的遗传分化指数表明,从整体水平上看四川裂腹鱼的遗传分化比较显着；除雅砻江种群与攀枝花种群间的遗传分化水平不显着外,其余种群间的遗传分化均比较显着；表明该物种具有较明显的种群结构。基因流估计显示,各种群间（除雅砻江与攀枝花种群间）的基因交流受到了限制,表明四川裂腹鱼种群间具有非常高的遗传分化水平,或其种群间已发生隔离。雅砻江种群和攀枝花种群遗传距离较小（0.027）,基因流值较大（28.72）,遗传分化指数Fst也不显着（P>0.05）,表明这两个种群间的遗传分化水平较低。不配对分布分析、Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验表明,四川裂腹鱼在整体水平上没有经历过瓶颈效应,但羊街河种群受到由瓶颈效应或奠基者效应引起的遗传漂变的影响。
郑鹏飞[9]（2010）在《长江流域不同泥鳅群体遗传多样性的PCR-RFLP分析》文中认为泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus）是一种小型淡水经济鱼类,广泛分布于我国辽河以南大部分地区以及越南、朝鲜和日本等地。由于其肉质细嫩味美、营养丰富,目前已成为我国一个重要的名优养殖品种。近年来,由于过度捕捞、大量人工养殖和水域生态环境日益恶化,我国野生泥鳅的种质资源逐渐衰退,如：生长慢、性成熟早、个体变小以及抗病能力下降等。长江流域是我国泥鳅的主要分布区,对该流域不同泥鳅群体的遗传多样性进行研究,正确评估野生泥鳅的种质资源状况和遗传差异显得非常重要。本研究选用鱼类线粒体DNA ND-5/6区段的通用引物对该区段进行PCR扩增,利用PCR-RFLP标记对长江流域不同泥鳅群体的遗传多样性进行分析。主要结果如下：（1）利用PCR-RFLP标记对武汉和岳阳两地同域分布二倍体和四倍体泥鳅的遗传关系进行了研究。对长江流域7个地区野生泥鳅的倍性进行检测,只检测到二倍体和四倍体,其中武汉、岳阳两地同域分布有二倍体和四倍体泥鳅。mtDNAND-5/6区段PCR扩增结果显示,二倍体和四倍体的扩增产物长度都为2.2 kb左右。对武汉和岳阳两地的二倍体和四倍体泥鳅做进一步的PCR-RFLP分析,利用筛选出的6种内切酶（HaeⅢ,DraⅠ, RsaⅠ,TaqⅠ, HinfⅠ和MspⅠ）对扩增产物进行酶切,共检测到66种单倍型。泥鳅群体内单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.7679-0.9385和0.01041-0.03212,其中岳阳二倍体核苷酸多样性最高（0.03212）,武汉二倍体其次（0.02452）,二倍体群体内核苷酸多样性高于四倍体。群体间的核苷酸多样性（π）大小为0.02588-0.04144,平均值为0.031737±0.000005。群体间的核苷酸歧化距离（δ）大小为0.00462-0.01617,平均值为0.010659±0.000003,其中武汉二倍体和四倍体之间的核苷酸歧化距离最大（0.01617）,武汉四倍体和岳阳二倍体之间的核苷酸歧化距离最小（0.00462）。Monte Carlo模拟χ2检验表明,4个群体间的单倍型频率存在极显着差异（P<0.0001）。UPGMA聚类分析表明,武汉四倍体、岳阳二倍体和四倍体聚为一支、亲缘关系较近,武汉二倍体为单独一支。（2）利用PCR-RFLP标记对长江流域乐山、重庆、宜昌、岳阳、武汉、安庆、南京7个二倍体泥鳅群体219尾个体进行了遗传多样性分析。结果显示：扩增得到的产物大小约为2.2 kb,未发现扩增长度多态现象。从13种内切酶（BamHⅠ,DraⅠ, EcorⅠ, HindⅢPstⅠ, MspⅠ,HaeⅢ,HinfⅠ,TaqⅠ,RsaⅠ,MvaⅠ, PvuⅠ, HhaⅠ）中进行筛选,发现有11（BamHⅠ, DraⅠ, EcorⅠ,HindⅢPstⅠ, MspⅠ,HaeⅢ, HinfⅠ,TaqⅠ, RsaⅠ, MvaⅠ）种酶的多态性较好。通过酶切分析一共得到91种单倍型,其中南京群体的单倍型多样性最高（0.8927）,其次是岳阳群体（0.8627）,四川乐山群体最低（0.2603）。7个二倍体泥鳅群体的平均单倍型多样性指数为0.7410±0.00693（自交）、0.7302±0.00671（非自交）,平均核苷酸多样性指数为0.078624±0.0000092；群体间的核苷酸歧化距离（δ）大小为0.012712-0.085330,平均值为0.043122±0.0000142,其中武汉和岳阳群体之间的核苷酸歧化距离最小（0.01617）,武汉和乐山群体之间的核苷酸歧化距离最大（0.085330）。Monte Carlo模拟χ2检验表明,7个群体间的单倍型频率存在极显着差异（P<0.0001）。UPGMA和NJ聚类分析表明,武汉和岳阳两个群体的亲缘关系最近,它们与宜昌、南京和安庆群体聚在一起成为一支；乐山和重庆群体亲缘关系较近,聚为另一支。这表明长江上游与长江中下游流域的二倍体泥鳅群体存在较大的遗传分化。通过对不同泥鳅群体的遗传多样性分析,表明长江流域的野生泥鳅多样性比较丰富,具有较好的开发利用潜力。在泥鳅的人工养殖和繁育过程中,应加强野生泥鳅种质资源和遗传多样性的保育,保障泥鳅资源的持续、合理利用。
邓铸疆[10]（2010）在《西北马鹿群体遗传多样性及系统地位》文中提出本研究通过对西北地区的塔里木马鹿、阿勒泰马鹿、天山马鹿、甘肃马鹿及阿拉善马鹿5个群体108个个体的D-loop全序列进行扩增、测序,分析其碱基组成及变异,构建系统发育树,研究西北马鹿群体遗传结构,群体遗传多样性及其系统地位,以期为科学保护和合理开发利用我国马鹿遗传资源提供分子水平的基础研究数据理论依据。根据GenBank中已发表的马鹿线粒体基因全序列设计特异性引物,扩增产物检测后进行测序。所得DNA D-loop序列经Contig Express软件拼接、校正后生成完整的序列;使用CLUSTALX软件进行同源序列比对,应用DNASP5.1.0软件统计分析单倍型多样度（Hd）、核苷酸多样度（Pi）以及平均核苷酸差异数（K）,利用分子进化遗传分析软件MEGA4.0.1确定单倍型数目与多态位点,构建分子系统树。分析结果如下:1.西北马鹿遗传多样性5个马鹿群体108个个体共定义了40种单倍型,存在一个不同群体间共享类型,多态位点为226个,简约信息位点为118个,碱基插入及缺失数为124;各群体之间碱基组成相似,T、C、A、G碱基的平均含量分别为32.1%,22.1%,30.0%和15.7%,G碱基在D-loop序列中相对缺乏;塔里木马鹿群体中所有个体D-loop序列与其他群体相比,在173～248bp处缺少1段长为76bp的序列。所有群体的平均单倍型多样度（Hd）为0.998±0.006,核苷酸多样度（Pi）为0.041±0.005,平均核苷酸差异数K=36.085 ,碱基转换/颠换比例R=2.349;表明西北马鹿整体遗传多样性比较丰富,其中甘肃群体多样性最为丰富,阿拉善群体多样性相对较低。2.西北马鹿系统地位用线粒体DNA D-loop区序列构建的NJ和MP分子系统发育树表明, 5个马鹿群体分为两个大的类群,塔里木马鹿与其他4个群体分属于不同类群;结合部分其他地区马鹿和梅花鹿序列,构建NJ树发现所有马鹿及梅花鹿分别聚为两个类群,其中阿勒泰、甘肃、天山和阿拉善马鹿与北美马鹿遗传距离较近,与梅花鹿同聚为一类,塔里木马鹿则与欧洲马鹿聚为另一类群,塔里木马鹿与其他群体间遗传距离较梅花鹿更远,支持马鹿起源于欧洲的观点。3.马鹿群体间的基因交流阿勒泰马鹿、天山马鹿及甘肃马鹿中有部分单倍型与群体中其他单倍型差异非常大,在建树过程中与其他群体聚为一类。这表明西北部分马鹿群体在不同程度上受到了其他马鹿的入侵,可能是由于群体间的引种杂交引起。
二、中国红鲤四群体线粒体DNA遗传多样性、起源及分化（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、中国红鲤四群体线粒体DNA遗传多样性、起源及分化（论文提纲范文）
（1）中国沿海相手蟹分子系统及红树林两种蟹类分子系统地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 红树林蟹类种类与功能 |
| 1.2 蟹类分子系统学研究 |
| 1.3 蟹类分子系统地理学研究 |
| 1.4 研究目的和意义 |
| 第二章 基于线粒体基因的相手蟹分子系统发育研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.1.3 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 基因序列及变异 |
| 2.2.2 种间和种内遗传差异 |
| 2.2.3 分子系统发育 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 种内分化分析 |
| 2.3.2 种间关系分析 |
| 2.3.3 属间关系分析 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 弧边招潮群体遗传结构与分子系统地理学研究 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.1.3 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 分子多态分析 |
| 3.2.2 单倍型类群及其分布 |
| 3.2.3 单倍型之间的关系 |
| 3.2.4 群体遗传结构 |
| 3.2.5 群体历史动态 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 弧边招潮群体遗传多样性分析 |
| 3.3.2 世系A和世系B的分化 |
| 3.3.3 群体遗传结构与幼体的扩散能力 |
| 3.3.4 群体历史动态 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 近亲拟相手蟹群体遗传结构与分子系统地理学研究 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.1.3 数据分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 分子多态分析 |
| 4.2.2 单倍型分布及其关系 |
| 4.2.3 群体遗传结构 |
| 4.2.4 群体历史动态 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 近亲拟相手蟹群体遗传多样性分析 |
| 4.3.2 群体遗传结构与幼体的扩散能力 |
| 4.3.3 群体历史动态 |
| 4.4 小结 |
| 总结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
（2）任河和大宁河多鳞白甲鱼生物学及遗传学特征的比较研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 多鳞白甲鱼的研究概况 |
| 1.1.1 多鳞白甲鱼的形态特征 |
| 1.1.2 多鳞白甲鱼的年龄与生长 |
| 1.1.3 多鳞白甲鱼的繁殖习性 |
| 1.1.4 多鳞白甲鱼的摄食习性 |
| 1.1.5 多鳞白甲鱼遗传学研究进展 |
| 1.1.6 多鳞白甲鱼的繁殖技术 |
| 1.2 鱼类生物学相关研究方法 |
| 1.2.1 年龄鉴定方法 |
| 1.2.2 生长分析 |
| 1.3 鱼类遗传多样性研究概述 |
| 1.3.1 形态学研究 |
| 1.3.2 鱼类线粒体基因组研究 |
| 1.4 研究目的和意义 |
| 第2章 多鳞白甲鱼两个地理群体的年龄与生长研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 样本采集及处理 |
| 2.1.2 年龄材料处理 |
| 2.1.3 年龄鉴定 |
| 2.1.4 计算公式 |
| 2.1.5 图片及数据处理 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 年龄鉴定材料的年轮特征 |
| 2.2.2 3种年龄材料的比较分析 |
| 2.2.3 两群体的年龄结构 |
| 2.2.4 两群体体长与体重分布 |
| 2.2.5 两群体体长与体重的关系 |
| 2.2.6 生长方程 |
| 2.2.7 生长速度和生长加速度 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 多鳞白甲鱼年龄鉴定材料的确定 |
| 2.3.2 多鳞白甲鱼任河群体与大宁河群体生长状况 |
| 2.3.3 多鳞白甲鱼资源的保护与合理利用 |
| 第3章 多鳞白甲鱼两个地理群体的形态学差异 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 样本来源 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.1.3 数据处理与分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 任河群体与大宁河群体的形态差异比较 |
| 3.2.2 任河群体与大宁河群体的主成分分析 |
| 3.2.3 任河群体与大宁河群体的判别分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 多鳞白甲鱼任河群体和大宁河群体的形态差异 |
| 3.3.2 多鳞白甲鱼任河群体和大宁河群体形态差异的原因分析 |
| 第4章 多鳞白甲鱼两个地理群体线粒体基因组结构比较 |
| 4.1 实验材料及仪器 |
| 4.1.1 样本采集 |
| 4.1.2 主要实验仪器 |
| 4.1.3 主要实验试剂 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 基因组DNA的提取 |
| 4.2.2 DNA样品质量检测 |
| 4.2.3 测序数据及质量控制 |
| 4.2.4 线粒体序列组装 |
| 4.2.5 线粒体全基因组注释与分析 |
| 4.2.6 系统进化树构建 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 基因组DNA提取与质量鉴定 |
| 4.3.2 测序数据及质量控制结果 |
| 4.3.3 线粒体基因组结构比较分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 线粒体基因组全序列分析 |
| 4.4.2 遗传距离及遗传多样性分析 |
| 4.4.3 线粒体基因组系统进化树分析 |
| 第5章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在学期间所发表的文章 |
（3）新疆裸重唇鱼线粒体DNA遗传多样性及线粒体DNA控制区异质性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 中英符号缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 新疆裸重唇鱼资源及保护 |
| 1.1 新疆裸重唇鱼的分类地位及分布简介 |
| 1.2 形态特征 |
| 1.3 生活环境 |
| 1.4 新疆裸重唇鱼研究概况 |
| 2 遗传多样性研究概况 |
| 2.1 遗传多样性概述 |
| 2.2 鱼类遗传多样性概述 |
| 2.3 鱼类遗传多样性的研究方法及应用 |
| 2.3.1 线粒体DNA D-loop区 |
| 2.3.1.1 线粒体DNA D-loop区结构特点 |
| 2.3.1.2 线粒体DNA D-loop区分子多态性的研究 |
| （1）RFLP技术(Restriction fragment length polymorphism, RFLP) |
| （2）RAPD技术(Randomly Amplified Polymorphic DNA， RAPD) |
| （3）微卫星DNA(Microsatellite) |
| （4）PCR-SSCP技术 |
| 2.3.1.3 鱼类线粒体DNA D-loop区研究概况 |
| 2.3.2 线粒体DNA细胞色素b研究概况 |
| 3 线粒体异质性研究概述 |
| 4 研究目的与意义 |
| 第二章 基于线粒体DNA D-loop区序列的新疆裸重唇鱼遗传多样性及差异研究 |
| 前言 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 实验设备 |
| 1.2 实验试剂 |
| 1.3 实验样品采集 |
| 2 研究方法 |
| 2.1 新疆裸重唇鱼基因组DNA的提取及检测 |
| 2.1.1 新疆裸重唇鱼基因组DNA提取 |
| 2.1.2 新疆裸重唇鱼基因组DNA检测 |
| 2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区单倍型筛选 |
| 2.2.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区扩增 |
| 2.2.2 SSCP-PCR筛选单倍型 |
| 2.2.2.1 非变性聚丙烯酰胺凝胶制备 |
| 2.2.2.2 银染显色 |
| 2.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区部分序列扩增 |
| 2.4 目的条带纯化回收 |
| 2.5 目的条带的连接和转化 |
| 2.5.1 大肠杆菌感受态细胞制备： |
| 2.5.2 连接 |
| 2.5.3 转化 |
| 2.5.4 阳性克隆的检测 |
| 2.5.5 菌液测序 |
| 2.6 数据处理 |
| 2.6.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区结构分析 |
| 2.6.2 新疆裸重唇鱼不同群体线粒体DNA控制区遗传多样性分析 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 新疆裸重唇鱼总DNA提取与检测 |
| 3.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区单倍型筛选 |
| 3.2.1 新疆裸重唇鱼用于单倍型筛选的片段扩增 |
| 3.2.2 新疆裸重唇鱼不同群体线粒体DNA控制区PCR-SSCP单倍型分型 |
| 3.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区碱基结构分析 |
| 3.3.1 新疆裸重唇鱼、鲤和细鳞裂腹鱼线粒体DNA D-loop区序列差异比较 |
| 3.3.2 新疆裸重唇鱼、鲤和细鳞裂腹鱼线粒体DNA D-loop区序列分析 |
| 3.3.2.1 终止序列区 |
| 3.3.2.2 中央保守序列区 |
| 3.3.4.3 保守序列区 |
| 3.4 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区遗传多样性比较分析 |
| 3.4.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区序列分析 |
| 3.4.2 群体遗传结构比较 |
| 3.4.3 群体的种群扩张分析 |
| 3.4.4 聚类分析结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区结构分析 |
| 4.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区遗传多样性比较分析 |
| 4.2.1 新疆裸重唇鱼四个群体的分子遗传多样性比较 |
| 4.2.2 新疆裸重唇鱼群体的遗传分化 |
| 4.2.3 群体的种群扩张分析 |
| 第三章 基于线粒体DNA细胞色素b基因部分序列的新疆裸重唇鱼遗传多样性分析 |
| 前言 |
| 1 实验材料和设备 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 主要试剂 |
| 2 研究方法 |
| 2.1 新疆裸重唇鱼线粒体基因组DNA提取及纯度检测 |
| 2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA细胞色素b基因PCR扩增测序 |
| 2.3 数据处理 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 新疆裸重唇鱼不同群体线粒体DNA细胞色素b序列变异比较 |
| 3.2 新疆裸重唇鱼不同群体群体遗传结构比较 |
| 3.3 新疆裸重唇鱼不同群体聚类分析 |
| 4 讨论 |
| 第四章 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区异质性初探 |
| 前言 |
| 1 实验材料与方法 |
| 1.1 实验材料与仪器试剂 |
| 1.1.1 实验材料 |
| 1.1.2 主要仪器 |
| 1.1.3 主要试剂 |
| 1.2 研究方法 |
| 1.2.1 新疆裸重唇鱼基因组DNA提取及检测 |
| 1.2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区PCR-SSCP单倍型分型 |
| 1.2.2.1 新疆裸重唇鱼用于单倍型筛选的 500bp片段扩增 |
| 1.2.2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区筛选单倍型 |
| 1.2.2.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区 750bp序列扩增 |
| 1.3 数据处理 |
| 2 实验结果分析 |
| 2.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区点异质性 |
| 2.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区长度异质性 |
| 第五章 新疆裸重唇鱼不同群体遗传多样性及差异研究总述 |
| 创新点与展望 |
| 6.1 创新点 |
| 6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 附件 |
（4）我国6个鲤群体遗传变异分析（论文提纲范文）
| 摘要 ABSTRACT 引言 第一章 文献综述 |
| 1 鲤的种质资源研究现状 |
| 1.1 鲤的分类学地位及分布 |
| 1.2 鲤的食性及繁殖特性 |
| 1.3 鲤鱼育种研究 |
| 1.3.1 鲤的选择育种研究 |
| 1.3.2 鲤的杂交育种研究 |
| 1.3.3 鲤的其他育种技术研究 |
| 1.3.4 鲤的群体遗传学研究 |
| 2 微卫星在鲤遗传研究中的应用 |
| 2.1 微卫星标记简介 |
| 2.2 鲤的微卫星标记开发 |
| 2.3 基于微卫星标记对鲤遗传学的研究 |
| 2.3.1 利用微卫星分析鲤遗传结构差异 |
| 2.3.2 利用微卫星分析鲤遗传多样性 |
| 2.3.3 微卫星与鲤经济性状的关联分析 |
| 3 D-loop在鲤遗传研究中的应用 |
| 3.1 D-loop简介 |
| 3.2 利用D-loop分析鲤群体的系统发育 |
| 3.3 利用D-loop分析鲤群体的遗传多样性 |
| 4 本研究的目的及意义 第二章 我国6个鲤群体的D-loop序列遗传变异分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料与DNA提取 |
| 1.2 PCR扩增及测序 |
| 1.3 序列数据的整理及分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 鲤群体D-loop序列变异特征 |
| 2.2 鲤群体遗传多样性及群体间遗传距离 |
| 2.3 鲤群体间遗传分化 |
| 2.4 鲤单倍型的发生关系 |
| 3 讨论 第三章 我国6个鲤群体的微卫星遗传变异分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样本采集和DNA提取 |
| 1.2 微卫星引物获取及PCR |
| 1.3 数据处理 |
| 2 结果 |
| 2.1 野生鲤群体和选育群体的遗传多样性 |
| 2.2 鲤群体遗传瓶颈效应检验 |
| 2.3 鲤群体间的遗传分化及遗传结构 |
| 3 讨论 |
| 3.1 鲤群体的遗传多样性分析 |
| 3.2 鲤群体遗传瓶颈分析 |
| 3.3 鲤群体遗传差异分析 第四章 清水江鲤基于形态差异和微卫星标记的遗传变异分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 形态数据测量 |
| 1.3 基因组DNA提取及PCR扩增分型 |
| 1.4 数据处理与分析 |
| 1.4.1 形态学数据统计分析 |
| 1.4.2 基因型数据遗传分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 清水江鲤形态数据描述性统计 |
| 2.2 清水江鲤微卫星标记多样性统计 |
| 2.3 清水江鲤不同区组的形态学比较分析 |
| 2.4 清水江鲤不同区组的遗传变异分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 清水江鲤群体形态特征分析 |
| 3.2 清水江鲤群体的遗传多样性及遗传结构 |
| 3.3 清水江鲤3个区组的形态学及遗传学差异 全文总结 参考文献 硕士期间学术成果 致谢 |
（5）中国红豆杉属分子谱系地理学与遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 Abstract 第一章 绪论 |
| 1.1 前言 |
| 1.1.1 研究背景 |
| 1.1.2 研究进展 |
| 1.2 研究目的与主要研究内容 |
| 1.2.1 研究目的 |
| 1.2.2 主要研究内容 |
| 1.3 研究的技术路线 第二章 基于质体DNA序列的红豆杉属谱系地理研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.1.3 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 叶绿体DNA序列分析 |
| 2.2.2 线粒体DNA序列分析 |
| 2.2.3 种群的失配分析 |
| 2.2.4 分化时间估计 |
| 2.3 小结 |
| 2.4 结论与讨论 |
| 2.4.1 红豆杉属的遗传多样性及遗传分化 |
| 2.4.2 冰期避难所 |
| 2.4.3 种群历史的动态分析 第三章 谱系地理学分析—来自核基因ITS的证据 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 单倍型多样性及地理分布 |
| 3.2.2 nrDNA单倍型之间的亲缘关系 |
| 3.2.3 居群的遗传结构 |
| 3.2.4 ITS的中性检验和失配分析 |
| 3.3 小结 |
| 3.4 结论与讨论 |
| 3.4.1 居群的遗传多样性 |
| 3.4.2 居群的遗传结构 |
| 3.4.3 种群的地理谱系关系 |
| 3.4.4 种群历史的动态分析 第四章 须弥红豆杉（Taxus wallichiana）微卫星引物开发 |
| 4.1 试验材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.1.3 跨种扩增 |
| 4.1.4 数据分析 |
| 4.2 实验结果与分析 |
| 4.2.1 微卫星序列的获得 |
| 4.2.2 微卫星引物的获得 |
| 4.2.3 微卫星多态性的筛选及遗传多样性检验 |
| 4.2.4 微卫星引物的跨种扩增 |
| 4.3 小结 第五章 基于SSR标记的红豆杉属群体遗传多样性及遗传结构分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 总DNA提取 |
| 5.1.3 总DNA的质量检测 |
| 5.1.4 引物的确定 |
| 5.1.5 PCR扩增 |
| 5.1.6 数据分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 SSR位点的多态性分析 |
| 5.2.2 天然种群的遗传多样性分析 |
| 5.2.3 红豆杉属的种群遗传结构分析 |
| 5.3 小结 |
| 5.4 结论与讨论 |
| 5.4.1 红豆杉属的遗传多样性 |
| 5.4.2 红豆杉属种群遗传结构 |
| 5.4.3 遗传保护策略 第六章 结论与展望 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 展望 参考文献 附录 在读期间的学术研究 致谢 |
（6）中国家鸡多起源及相关分子生物学研究（论文提纲范文）
| 1中国家鸡独立驯化的考古学依据 |
| 2中华民族的融合与迁徙促进了家鸡的传播和功能分化 |
| 3原鸡地理分布及其适应性与家鸡形成的关系 |
| 3.1现代原鸡的种类及地理分布 |
| 3.2原鸡生存条件及地理生殖隔离 |
| 4家鸡起源于原鸡的分子生物学研究 |
| 5我国家鸡母系起源的进一步探讨 |
| 5.1不同鸡群中单倍型种类及分布 |
| 5.2单倍型簇的地理分布对我国家鸡起源及传播路径的提示 |
| 6结论 |
（7）全球大青鲨种群遗传结构的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 目录 |
| 第一章 ：文献综述 |
| 1.1 种群遗传结构概述 |
| 1.1.1 种群遗传结构研究方法 |
| 1.1.2 种群遗传结构模型 |
| 1.1.3 鲨鱼种群遗传结构的研究 |
| 1.2 群体遗传学研究的分子标记概述 |
| 1.2.1 动物线粒体 DNA 的遗传特性 |
| 1.2.2 线粒体 DNA 的 D-loop 区 |
| 1.2.3 线粒体 DNA 的 COI 基因 |
| 1.2.4 软骨鱼类线粒体 DNA 的结构特点 |
| 1.2.5 软骨鱼类线粒体 DNA 基因组的进化速率 |
| 1.3 大青鲨研究概述 |
| 1.3.1 大青鲨的生物学特性 |
| 1.3.2 大青鲨的分类地位和分布区域 |
| 1.3.3 分子遗传标记在鲨鱼种群中的研究进展 |
| 1.4 研究目的和技术路线 |
| 第二章 ：基于线粒体 DNA 控制区（D-loop 区）大青鲨种群遗传结构的初步研究 |
| 2.1 样本采集与基因组 DNA 提取 |
| 2.1.1 样本来源 |
| 2.1.2 实验仪器 |
| 2.1.3 实验试剂与溶液 |
| 2.1.4 实验方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 基因序列多样性 |
| 2.2.2 遗传多样性和单倍型分布 |
| 2.2.3 系统发育树的构建 |
| 2.2.4 群体遗传结构分析 |
| 2.2.5 群体扩张检测 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 遗传多样性 |
| 2.3.2 群体活动与遗传结构 |
| 第三章 ：基于线粒体 DNA（COI 基因）对大青鲨种群遗传结构的初步研究 |
| 3.1 样本采集与基因组 DNA 提取 |
| 3.1.1 样本来源 |
| 3.1.2 实验仪器 |
| 3.1.3 实验试剂与溶液 |
| 3.1.4 实验方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 基因序列多样性 |
| 3.2.2 系统发育树和单倍型网络构建 |
| 3.2.3 群体遗传结构分析 |
| 3.2.4 中性检验和种群历史动态分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 遗传多样性 |
| 3.3.2 群体遗传结构 |
| 第四章 ：结论和展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 参与科研项目 |
| 发表文章 |
| 研究创新点 |
（8）四川裂腹鱼（Schizothorax kozlovi Nikolsky）种质特征及其遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 文献综述 |
| 1 四川裂腹鱼研究概况 |
| 2 淡水鱼类种质研究 |
| 3 遗传多样性及其研究方法 |
| 4 本研究的目的、意义 |
| 第二部分 研究内容 |
| 试验一 四川裂腹鱼外部形态特征 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 试验二 四川裂腹鱼年龄与生长特性 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 试验三 四川裂腹鱼肌肉营养成分分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料及方法 |
| 3 结果和讨论 |
| 试验四 四川裂腹鱼同工酶的研究 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果分析 |
| 4 讨论 |
| 试验五 四川裂腹鱼核型的研究 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 试验六 四川裂腹鱼线粒体控制区的遗传多样性分析 |
| 1 引言 |
| 2 试验材料及方法 |
| 3 实验数据分析 |
| 4 实验结果 |
| 5 讨论 |
| 结论及创新点 |
| 1 结论 |
| 2 创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间发表论文与奖项 |
（9）长江流域不同泥鳅群体遗传多样性的PCR-RFLP分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1 本实验的研究背景 |
| 2 遗传多样性的研究 |
| 2.1 鱼类多样性概况 |
| 2.2 遗传多样性研究与发展 |
| 2.2.1 形态学水平 |
| 2.2.2 细胞学水平 |
| 2.2.3 蛋白质水平 |
| 2.2.4 分子水平 |
| 3 分子标记技术在鱼类多样性研究中的应用 |
| 3.1 分子标记的发展 |
| 3.2 RFLP在鱼类多样性研究中的应用 |
| 4. 线粒体DNA在鱼类多样性研究中的应用 |
| 4.1 鱼类线粒体DNA的结构 |
| 4.1.1 鱼类线粒体DNA序列组成 |
| 4.1.2 鱼类线粒体DNA特征 |
| 4.2 线粒体DNA的应用 |
| 5 本研究的目的和意义 |
| 6 本研究的技术路线 |
| 第2章 同域分布的二倍体和四倍体泥鳅ND5/6基因多态性及群体遗传变异的PCR-RFLP分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样本采集 |
| 1.2 溶液配制 |
| 1.2.1 检测倍性所需试剂的配制 |
| 1.2.2 DNA提取所需试剂的配制 |
| 1.2.3 琼脂糖胶的制备及电泳所需试剂的配制 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 泥鳅倍性的流式细胞仪检测步骤 |
| 1.3.2 DNA的提取 |
| 1.3.3 DNA浓度的测定 |
| 1.3.4 DNA质量的电泳检测 |
| 1.3.5 PCR扩增 |
| 1.3.6 限制性核酸内切酶单酶酶切和电泳 |
| 1.3.7 数据处理和分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 倍性检测结果 |
| 2.2 基因组DNA的检测 |
| 2.3 ND5/6区域PCR扩增结果的琼脂糖检测 |
| 2.4 扩增产物酶切后电泳检测的结果 |
| 2.6 遗传变异及系统发育关系 |
| 3 讨论 |
| 3.1 关于泥鳅倍性分析 |
| 3.2 关于多倍体泥鳅的地理分布 |
| 3.3 二倍体与四倍体泥鳅的遗传变异和遗传关系 |
| 第3章 二倍体泥鳅不同地理群体线粒体DNA ND-5/6基因多态性及遗传多样性的PCR-RFLP分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 泥鳅倍性的流式细胞仪检测步骤 |
| 1.2.2 DNA的提取 |
| 1.2.3 DNA浓度的测定 |
| 1.2.4 DNA质量的电泳检测 |
| 1.2.5 PCR扩增 |
| 1.2.6 限制性核酸内切酶单酶酶切和电泳 |
| 1.2.7 数据处理和分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 DNA提取结果 |
| 2.2 PCR扩增结果检测 |
| 2.3 扩增产物的酶切电泳检测 |
| 2.4 多样性指数及聚类图 |
| 3 讨论 |
| 3.1 ND5/6基因在群体遗传学中的应用 |
| 3.2 泥鳅群体的遗传多样性分析 |
| 3.3 长江流域泥鳅的资源保育 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（10）西北马鹿群体遗传多样性及系统地位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 马鹿资源概述 |
| 1.1.1 马鹿的生物学特性 |
| 1.1.2 马鹿亚种及分布 |
| 1.1.3 国内马鹿资源现状 |
| 1.2 遗传多样性及系统地位的研究方法 |
| 1.2.1 形态学标记 |
| 1.2.2 细胞学标记 |
| 1.2.3 生物化学标记 |
| 1.2.4 分子遗传标记(Molecular Genetic Markers) |
| 1.2.4.1 限制性片段长度多态性（RFLP） |
| 1.2.4.2 随机扩增长度多态性DNA（RAPD） |
| 1.2.4.3 扩增片段长度多态性（AFLP） |
| 1.2.4.4 单核苷酸多态性(SNP) |
| 1.2.4.5 微卫星DNA 多态性分析 |
| 1.2.4.6 DNA 碱基序列测定（DNA Sequencing） |
| 1.3 动物线粒体DNA（mitochondria DNA）概述 |
| 1.3.1 线粒体DNA 的结构 |
| 1.3.2 线粒体DNA 的遗传特点 |
| 1.3.2.1 遵循母系遗传（maternal inheritance） |
| 1.3.2.2 突变频率高，进化速率快 |
| 1.3.2.3 无组织特异性 |
| 1.3.3 线粒体DNA 作为分子遗传标记的优势与不足 |
| 1.3.3.1 线粒体DNA 作为分子遗传标记的优点 |
| 1.3.3.2 线粒体DNA 作为分子遗传标记的不足 |
| 1.3.4 线粒体DNA 在动物遗传研究中的应用 |
| 1.4 马鹿遗传多样性与系统进化研究现状 |
| 1.4.1 蛋白质研究水平 |
| 1.4.2 分子研究水平 |
| 1.5 本试验研究的目的及意义 |
| 第二章 西北马鹿群体遗传多样性及系统地位 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.1.1 样品来源 |
| 2.1.1.2 试剂及其配制 |
| 2.1.1.3 仪器设备 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.1.2.1 血样采集 |
| 2.1.2.2 基因组DNA 的制备 |
| 2.1.2.3 引物设计 |
| 2.1.2.4 D-loop 区全序列的扩增 |
| 2.1.2.5 PCR 产物的回收与测序 |
| 2.2 数据统计分析 |
| 2.2.1 序列拼接、校对 |
| 2.2.2 序列比对及格式转换 |
| 2.2.3 序列多态性分析 |
| 2.2.4 分子系统树构建 |
| 2.2.5 代码及简写 |
| 2.3 结果分析 |
| 2.3.1 D-loop 全序列的碱基组成 |
| 2.3.2 各马鹿单倍型分析 |
| 2.3.3 D-loop 全序列的变异分析 |
| 2.3.4 系统进化树的构建 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 西北马鹿的遗传多样性 |
| 2.4.2 西北马鹿起源和系统地位 |
| 2.4.3 西北马鹿群体间的基因交流 |
| 2.5 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 附件 |
四、中国红鲤四群体线粒体DNA遗传多样性、起源及分化（论文参考文献）
- [1]中国沿海相手蟹分子系统及红树林两种蟹类分子系统地理学研究[D]. 徐岩. 广西大学, 2020(02)
- [2]任河和大宁河多鳞白甲鱼生物学及遗传学特征的比较研究[D]. 唐容. 西南大学, 2020(01)
- [3]新疆裸重唇鱼线粒体DNA遗传多样性及线粒体DNA控制区异质性研究[D]. 郭飏. 石河子大学, 2016(02)
- [4]我国6个鲤群体遗传变异分析[D]. 刘念. 上海海洋大学, 2016(02)
- [5]中国红豆杉属分子谱系地理学与遗传多样性研究[D]. 程蓓蓓. 中国林业科学研究院, 2016(01)
- [6]中国家鸡多起源及相关分子生物学研究[J]. 梁勇,康乐,姜庆林,张细权. 中国家禽, 2015(14)
- [7]全球大青鲨种群遗传结构的初步研究[D]. 郑真真. 上海海洋大学, 2014(03)
- [8]四川裂腹鱼（Schizothorax kozlovi Nikolsky）种质特征及其遗传多样性研究[D]. 陈永祥. 四川农业大学, 2013(03)
- [9]长江流域不同泥鳅群体遗传多样性的PCR-RFLP分析[D]. 郑鹏飞. 华中农业大学, 2010(06)
- [10]西北马鹿群体遗传多样性及系统地位[D]. 邓铸疆. 西北农林科技大学, 2010(11)