一、马铃薯卷叶病毒分离株外壳蛋白基因和17k蛋白基因的克隆及序列分析(论文文献综述)
陈晓军,郭成瑾,王喜刚,沈瑞清[1](2021)在《马铃薯PLRV病毒宁夏分离物外壳蛋白基因CP的克隆与序列分析》文中进行了进一步梳理利用双抗体夹心酶联免疫吸附法分离得到了PLRV宁夏分离物,并采用RT-PCR技术分离得到了宁夏分离物外壳蛋白基因CP的核苷酸序列,PLRV CP基因共624 bp,推测编码208个氨基酸残基,分子量大小为23 234.2,等电点11.85。通过同源性分析,其与2013年内蒙古分离物(KC456052)最为接近,同源性达99.8%;进化树分析发现其有一定的地理区域性,为单独分支起源。
邱远健[2](2021)在《两种构树双生病毒的分子鉴定与传播方式研究》文中研究指明构树作为一种多年生木本植物,可用做中药和蔡伦造纸的原料,也可作为牲畜饲料。因其生长周期短、蛋白含量高等特点而用作地方扶贫材料,这一工程也让山西、贵州和河南等10省35县20万人脱贫增收。然而,在构树产业的快速发展过程中对于其上的病虫害研究相对不足,这为构树产业的健康发展埋下了隐患。为了明确构树卷叶病的病原和进一步制定具体防控方案,我们应用宏病毒组测序获得三种病毒片段,田间检测验证两种双生病毒片段与症状密切相关,全基因组克隆获得两个双生病毒基因组全长,并从基因组结构、遗传进化关系以及传播方式等角度进行研究,明确了两个双生病毒的分类地位。本文的主要研究结果如下:1.发现卷叶构树上存在三种病毒,且两种双生病毒与症状相关。对三个卷叶构树样品的转录组(GS-HY,GS-SWU,GS-TL)进行分析发现,构树卷叶样品存在三种病毒片段:细胞质弹状病毒、双生病毒1和双生病毒2,其中GS-TL样品中只含有双生病毒2。通过RTPCR/PCR实验验证三种病原物存在于感病样品中。田间采集91份构树样品,其中81份样品呈现明显卷曲、褪绿的症状,10份样品不表现症状。PCR检测发现,感病的81份样品中,细胞质弹状病毒的检出率仅为24.69%,双生病毒1的检出率为90.12%,双生病毒2的检出率为93.82%。因此,两种双生病毒与卷叶症状存在正相关关系。此外,调查发现两种双生病毒多为复合侵染,且侵染时会加重叶片卷曲症状。2.获得两个双生病毒基因组全长,分析其基因组结构、蛋白功能以及遗传进化关系等分子生物学特征。通过PCR和滚环扩增获得并验证两种单组分的双生病毒,我们分别命名为构树卷叶病毒1(paper mulberry leaf curl virus 1,PMLCV-1)和构树卷叶病毒2(paper mulberry leaf curl virus,PMLCV-2)。其中PMLCV-1基因组全长为3,056 nt,PMLCV-2基因组全长为3,757-3,763 nt。病毒PMLCV-1和PMLCV-2基因组上均含有6个开放阅读框(Open reading frame,ORF),其中病毒链含有4个开放阅读框(V1-V4),互补链含有两个开放阅读框(C1,C1:C2)。ORF V1编码病毒的外壳蛋白(Coat protein,CP),ORFV2编码V2蛋白,ORF V3编码一个序列同源性较低但含有保守跨膜结构域的蛋白,ORF V4编码病毒的运动蛋白(Movement protein,MP),ORFC1与ORF C1:C2分别编码复制相关蛋白A(replication protein A,RepA)和复制相关蛋白(replication protein,Rep)。另外,PMLCV-1的ORFV4与PMLCV-2有较大差异,大小仅为PMLCV-2对应V4的1/3,不具有30K运动蛋白家族的特征。通过小RNA(sRNA)-seq和去除rRNA的转录组测序比对到PMLCV-1和PMLCV-2的互补链转录本,发现了与玉米线条病毒属,伊朗甜菜曲顶病毒属和甜菜曲顶病毒属病毒类似的选择性剪接内含子。遗传进化分析和序列两两比较发现,PMLCV-1和PMLCV-2与柑橘褪绿矮缩病毒(citrus chlorotic dwarf associated virus,CCDaV)和桑花叶型矮缩病毒(mulberry mosaic dwarf associated virus,MMDaV)的亲缘关系最近且归为两支,我们建议将在双生病毒科下成立一个新属,其中一个亚属包括PMLCV-1,MMDaV,一个亚属包括PMLCV-2、CCDaV。3.初步明确PMLCV-1,PMLCV-2的传播方式:PMLCV-1不能通过种子进行传播,PMLCV-2可以通过种子和带毒枝条传播。通过PCR/RT-PCR实验对田间构树上的昆虫介体进行调查,初步确定PMLCV-1,PMLCV-2的候选传播昆虫为斑叶蝉、波宁雅氏叶蝉。收集感病构树上的种子,待其生长至三个月的实生苗时对其携带病毒情况进行检测,发现实生苗中不携带细胞质弹状病毒和PMLCV-1,但携带有PMLCV-2(带毒率12.6%)。使用PMLCV-2全长引物进行全基因组扩增,发现有11个样品均能得到基因组大小的片段,经Sanger测序比对为PMLCV-2序列。选取实生苗Z28进行转录组测序,证明PMLCV-2可以在植物体内进行转录。将实生苗Z28枝条嫁接到健康构树上,六个月后能检测到PMLCV-2的存在,但仍未表现症状,证明PMLCV-2可以在植物体内复制。
杨洁萍[3](2020)在《基于转录组与小RNA测序的库尔勒香梨病毒检测》文中认为目的:通过高通量测序技术对库尔勒香梨花朵进行转录组测序和Small RNA测序,筛选出与植物病毒相关的基因序列作为候选病毒分析,并通过RT-PCR技术对筛选到有关病毒的基因序列进行验证。探索分析库尔勒香梨病毒的基因序列相关信息的新方法,为库尔勒香梨病毒的检测、病毒防治和培育无病毒苗木奠定基础。方法:将2014年、2017年、2018年4月中旬,采集的库尔勒香梨花朵分别于当年送至诺禾致源公司,委托其利用Illumina HisSeqTM2500测序平台进行转录组测序。将获得的原始序列过滤剔除低质量数据得到干净序列后,采用Trinity软件对干净序列进行拼接。Trinity拼接得到的转录本序列,Corset利用比对到转录本的序列和表达模式对转录本进行层次聚类,以Corset层次聚类后最长Cluster序列进行基因功能注释,筛选出注释为植物病毒的长片段序列作为候选病毒,对候选病毒病毒序列设计引物进行RT-PCR验证;将2014年所获得的小RNA测序数据,所得的原始序列进行测序数据过滤,得到的为干净序列。在NCBI的GenBank数据库下载各种植物病毒的参考序列,将干净序列用本地BLAST程序与核酸数据库、蛋白数据库进行比对,筛选出和植物病毒序列相似性比较高的序列,从而得到候选病毒进行分析。研究结果如下:1、库尔勒香梨转录组测序分析根据三组转录组测序数据的生物信息学分析结果,对分别筛选出的66条、202条、921条注释为植物病毒的基因序列和1条注释为植物类病毒的基因序列分析,发现有3种是已报道的侵染梨的病毒和1种类病毒,分别是苹果茎痘病毒分离物PA66、苹果茎沟病毒分离物P-209、苹果茎沟病毒韩国分离物、苹果褪绿叶斑病毒、啤酒花矮化类病毒,一种未报道的病毒芸薹黄化病毒。根据设计的特异性引物,随机采集的库尔勒香梨枝条样品利用RT-PCR技术对筛选出的4种病毒进行扩增验证,只有苹果茎痘病毒和苹果茎沟病毒扩增出目的片段。2、库尔勒香梨Small RNA测序分析运用BLAST程序将获得的干净序列分别与NCBI的核酸数据库和蛋白质数据库进行比对,筛选出了22条注释为植物病毒的基因序列和32条注释为植物类病毒的基因序列进行分析,发现2种已报道的侵染梨的病毒和1种类病毒,分别为苹果茎痘病毒、苹果茎沟病毒和苹果锈果类病毒。
付尚松[4](2020)在《贵州辣椒RNA病毒种类组成及株系变异研究》文中认为贵州是我国辣椒的重要产地,现有种植面积500余万亩,居国内第一。近年来,生产上辣椒病毒病的危害日趋严重,影响了辣椒的产量和品质。掌握贵州辣椒病毒病的毒原种类,建立快速、准确、灵敏的病毒检测方法,摸清不同地区病毒病的毒原组成与分布,对辣椒病毒病的防治具有重要意义。本研究采用RT-PCR技术,利用13种病毒(CMV、TMV、PMMo V、Chi VMV、TSWV、PCV-1、PCV-2、TMGMV、BBWV、Pe VYV、Chi RSV、Tu MV、BWYV)的特异性引物对采自贵州省全省9个地市的678份疑似病毒病辣椒样本进行了检测;利用DNAman和Bioedit软件进行基因序列比对,MEGA软件构建系统发育进化树,对主要病毒种类进行了株系分化研究;建立自然病圃法对贵州辣椒地方品种及资源材料进行了抗病毒病性评价研究,取得了以下研究结果:1.于2018-2019年,利用RT-PCR方法,对贵州省全省9个地市的678份疑似辣椒病毒病样本进行了13种病毒检测,检测出579份带毒样本,其中192份样本为单一病毒侵染,387份属于复合侵染,分别占总样本的28.32%和57.08%。基于各个病毒在单一侵染和复合侵染中的出现频次,明确了贵州省辣椒病毒病的主要毒原种类为PMMo V(35.10%),PCV-1(39.79%),PCV-2(26.11%),TMGMV(20.65%),Chi VMV(18.29%),TMV(14.90%),BBWV(13.42%)和CMV(12.68%),田间危害以多种病毒的复合侵染为主。2.在复合侵染类型中,由2~8种病毒复合侵染的出现次数分别为:173次、119次、61次、18次、11次、4次和1次,2种病毒复合侵染出现的次数最高,而出现频次较高的复合类型有PMMo V+PCV-1+PCV-2(4.65%)、PMMo V+PCV-1(4.39%)和Chi VMV+PMMo V+PCV-1+PCV-2(1.55%)。3.不同地区辣椒病毒病的种类有一定差异。黔南州、黔东南州、安顺市、毕节市、铜仁市和遵义市单一病毒侵染的主要种类分别为CMV、TMV、PMMo V;CMV、TMV、TMGMV;CMV、TSWV、BBWV;CMV、Chi VMV、BBWV;CMV、TMV、Chi VMV、PMMo V和CMV。贵阳市和六盘水市单一病毒侵染主要种类为CMV、PMMo V。黔南州、黔东南州和毕节市复合侵染侵染的主要种类分别为PMMo V+TMV;TMGMV+PCV-1;TMV+TMGMV。铜仁市、六盘水市和遵义市复合侵染侵染的主要种类为PMMo V+PCV-1+PCV-2,安顺市和贵阳市复合侵染侵染的主要种类为PMMo V+PCV-1。可见,贵州各地区的单一病毒侵染以CMV、TMV和PMMo V为主,而复合侵染以2种病毒为主。4.基于辣椒病毒分离物的CP基因核苷酸序列及编码蛋白的氨基酸序列与代表株系的分析表明,贵州辣椒CMV分离物属于CMV亚组IB株系和亚组Ⅱ株系;辣椒TMV分离物聚为明显的两大类,一类与越南、河南等国内外TMV分离物的亲缘关系较近,另一类独立为一簇,存在遗传分化;而辣椒PMMo V的14个分离物也明显的分化为两支,其中来自榕江的6个分离物分属不同的株系。5.采用自然病圃鉴定法,对112份辣椒资源材料对辣椒病毒病的抗病性进行了鉴定评价,筛选出表现高抗的材料7份、抗病25份、中抗42份、感病31份和高感7份,分别占总材料数的6.25%、22.32%、37.50%、27.68%、6.25%。
周俊[5](2020)在《桃及其野生近缘种中病毒组研究》文中提出桃(Prunus persica L.)是具有重要经济价值的核果类果树,我国是世界最大的桃生产国和消费国。然而,桃树在其生长发育过程中易受多种病毒的侵染,从而影响桃树的生长、发育和生产,进而制约桃产业的健康、可持续发展。目前对于我国桃树病毒的种类、不同桃种质中病毒发生情况及其遗传多样性和演化等问题仍缺少全面的认识。本研究利用高通量测序对桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品进行病毒鉴定,分析不同桃种质中的病毒组成差异,分析病毒的遗传多样性和遗传演化,鉴定了5种桃病毒新种。首先,明确桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品中的病毒种类和组成情况。RNA-seq(RNA sequencing)和sRNA测序比较发现,RNA-seq可以拼接获得比sRNA测序更完整的病毒基因组序列和检出更多的病毒种类。因此选用RNA-seq对桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品进行病毒鉴定,经RT-PCR验证,共鉴定出15种已知植物病毒、2种类病毒及新病毒5种。其中,发生最为普遍的病毒和类病毒有桃相关黄症病毒属病毒、李属坏死环斑病毒、桃病毒D、李树皮坏死茎痘相关病毒、油桃茎痘相关病毒和桃潜隐花叶类病毒。进一步对桃及其野生近缘种中病毒种类和组成进行分析,发现光核桃、山桃、甘肃桃、普通桃中检出病毒种类分别为19种、4种、5种和4种,其中15种病毒仅在普通桃中检出,说明桃及其野生近缘种中的病毒种类和组成均差异较大。另外,分析发现4类普通桃(观赏桃、地方品种群、栽培品种和砧木)检出的病毒种类数和组成较为相似。其次,利用高通量测序数据对检出的几种主要病毒进行种群多样性和遗传演化分析。单核苷酸多样性(SNP)分析发现李属病毒2 SNP频率最高,李属坏死环斑病毒SNP频率最低,SNP位点在各病毒基因组无明显的热点区域。序列比对和遗传演化分析显示,桃相关黄症病毒属病毒分离物在遗传演化树上聚类在3个分支中,油桃茎痘相关病毒分离物在遗传演化树上聚类在2个分支中,而桃叶痘相关病毒分离物在遗传演化树上未形成明显的聚集。最后,鉴定了5个桃病毒新种,明确其基因组结构、序列特征、分类地位和部分生物学特性。扩增获得RP19-1与RP19-2基因组序列,其均编码三个重叠的开放阅读框,序列多样性和遗传演化分析显示RP19-1、RP19-2与Ta Tao 5归属于纤毛病毒属的新病毒种:桃褪绿叶斑病毒。明确桃病毒1基因组全长为13,949 nt,编码6个ORF,为甲型细胞核弹状病毒属的新病毒种,可嫁接传播;桃病毒1是首个基因组为-ssRNA的桃病毒。明确桃病毒2基因组全长为4,978 nt,编码2个ORF,为整体病毒属的新病毒种,其病毒颗粒呈二十面体对称结构(平均直径约30 nm),是首个基因组为dsRNA的桃病毒。桃病毒3和桃病毒4仅扩增获得两个长片段序列,序列多样性和遗传演化分析显示两者归属于斑点病毒属。本研究利用高通量测序技术从桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品中共鉴定15种已知植物病毒、2种类病毒及5种新病毒,并明确其病毒的组成情况和主要桃病毒的序列多样性和遗传演化情况。这些信息加深了关于桃病毒及其多样性和演化的认知,为制定更有效的桃病毒防控措施提供了重要的理论依据。
闫晨鸽[6](2020)在《利用深度测序技术鉴定枣树及百合病毒》文中认为调查发现,在北京多地的枣树及百合植株上出现了花叶、卷叶、黄化等病毒病症状,经济价值、观赏价值受到了影响。查阅文献后发现,关于枣树及百合病毒病的研究相对较少,本研究拟利用深度测序技术,对表现病毒病症状的枣树及百合进行病毒检测,从而明确病毒种类,丰富枣树及百合的病毒数据库,为枣树及百合病毒病的防治工作打下基础。实验结果如下:1、在枣树植株上发现了四种从未报道的病毒,以及一种新的分离物,分别为:①枣树黄化斑驳相关病毒(Jujube yellow mottle-associated virus,JYMaV)北京分离物,属于无花果花叶病毒科、欧洲山梣环斑病毒属,该病毒由6条RNA链构成,每条RNA只编码一个蛋白,它们依次编码了 RNA依赖的RNA聚合酶、糖蛋白前体、核衣壳蛋白、运动蛋白和未知功能蛋白。②枣树花叶相关病毒(Jujube mosaic-associated Badnavirus,JaBV),是花椰菜花叶病毒科、杆状DNA病毒属的新病毒,该病毒为环状DNA病毒,由4个开读框组成,分别编码了一个未知蛋白、病毒相关蛋白、复制酶和未知蛋白。③中国枣树卷叶伴随病毒(Chinese jujube leafroll-associated virus,CJLRaV),是长线病毒科、葡萄卷叶病毒属的新病毒,该病毒为单链RNA病毒,由7个开读框组成。④苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)枣树分离物,属于乙型线形病毒科、线形病毒属,这是首次在枣树上发现该RNA病毒,它由有2个开读框组成,分别编码了一个复制酶和移动蛋白。⑤中国枣树F病毒(Chinese jujube virus F,CJVF),是伴生豇豆病毒科、蚕豆病毒属的新病毒,该病毒为双组份RNA病毒,RNA1有1个开读框,编码了 RNA解旋酶、逆转录酶;RNA2有1个开读框,编码了运动蛋白、大外壳蛋白、小外壳蛋白。2、在百合植株上发现了四种从未报道的病毒,分别为:①剪秋萝斑驳病毒(lychnis mottle virus,LycMoV)百合分离物是伴生豇豆病毒科、病毒属(未分类)的病毒,该病毒为双组份RNA,RNA1有1个开读框,包含了蛋白酶辅助因子、RNA解旋酶、病毒基因组5’端结合蛋白、蛋白酶、聚合酶;RNA2有1个开读框,包含了运动蛋白、大外壳蛋白、小外壳蛋白。②百合黄脉病毒(Lily yellow vein virus,LYVV),是花椰菜花叶病毒科、玫瑰黄花叶病毒属的新病毒,该病毒为环状DNA,目前获得了运动蛋白、衣壳蛋白、假定蛋白的部分序列。③百合西方黄化病毒(Lily western yellows virus,LWYV),是黄症病毒科、马铃薯卷叶病毒属的新病毒,该病毒为单链RNA,目前获得了 4个开读框,ORFO编码了一个P0蛋白;ORF1编码了一个RdRp P1蛋白;ORF2编码了一个RdRp P1-P2融合蛋白。其他部分尚未完成。④百合内生病毒(Lily endornavirus,LEV),是内源RNA病毒科、内源RNA病毒属的新病毒,该病毒为单链RNA,目前获得了未知区域、糖基转移酶的部分序列,RNA解旋酶、RNA依赖的RNA聚合酶的完整序列,其他部分尚未完成。
李桑桑[7](2020)在《辣椒脉黄病毒P4蛋白介导病毒胞间运动功能研究》文中提出植物病毒侵染寄主,需要克服寄主细胞胞间连丝(Plasmodesmata,PD)的限制,进行胞间运动,从而系统侵染寄主。为了克服PD屏障,植物病毒通过编码运动蛋白来介导病毒通过PD。辣椒脉黄病毒(Pepper vein yellows virus,Pe VYV)是正义单链RNA病毒,属于黄症病毒科(Luteoviridae)马铃薯卷叶病毒属(Polerovirus)。该病毒能够通过蚜虫和嫁接进行传毒,受侵染寄主会出现叶脉黄化、新叶簇生等症状,严重影响辣椒等茄科作物的产量和品质。研究Pe VYV编码的运动蛋白及其功能,可为分析Pe VYV的致病性提供科学依据,也可为科学评估Pe VYV对茄科经济作物的潜在威胁提供理论基础。辣椒脉黄病毒ORF4编码的一个大小为17.5 KDa的蛋白,P4蛋白的结构域分析表明,在117-138 aa区段有一个跨膜结构域。P4蛋白亚细胞定位结果表明,P4蛋白,与PD的标志蛋白PDLP8共定位,形成不连续的黄色荧光点。删去或A替代P4蛋白的117-138 aa跨膜结构域,?P4 117-138蛋白(缺失突变子)和?P4 AAA117-138(A替代突变子)虽定位于细胞膜,但两个突变子均不能与PDLP8蛋白共定位。研究结果表明,P4蛋白的117-138 aa跨膜结构域是P4蛋白定位于PD的关键结构域。P4蛋白介导植物病毒胞间运动研究表明,P4蛋白能够互补运动蛋白缺失突变黄瓜花叶病毒(CMV?3a)进行胞间运动,92%的病毒运动到邻近细胞;?P4 AAA117-138驱动仅16%CMV?3a侵染邻近细胞;而?P4 117-138蛋白完全失去互补CMV?3a进行胞间运动的能力。利用免疫共沉淀(Co-immunoprecipitation,Co-IP)结合液相色谱-质谱/质谱(Liquid-chromatography Mass/Mass,LC-MS/MS),筛选鉴定与P4蛋白及其跨膜结构域突变子互作的寄主蛋白。筛选到与P4蛋白可能直接互作的寄主蛋白16个,主要参与内质网结合(ER binding)、能量代谢、丝裂原活化激酶途径、自噬体途径、DNA甲基化途径等;两个突变子可能直接互作的寄主蛋白14个,不能与丝裂原活化激酶途径、自噬体途径的2个蛋白互作。P4蛋白不但介导病毒胞间运动,还可能参与调控病毒复制和寄主抗性等多重功能。
陈兆贵,施招婉,陈静敏[8](2012)在《惠州马铃薯卷叶病毒病原分子鉴定及序列分析》文中研究表明对广东省惠州市疑似感染马铃薯卷叶病毒(Potato leafroll virus,PLRV)的病株毒源进行分子生物学鉴定,为广东省马铃薯卷叶病的防治提供参考。依据CP基因设计的一对特异引物,以马铃薯总RNA为模板,应用RT-PCR技术,成功扩增出336bp的DNA片段。用BLAST对序列进行同源性分析,用Clustal X构建PLRV的聚类图。结果表明:4个惠州PLRV不同分离物的DNA序列和氨基酸结构具有高度同源性,惠州PLRV分离物与国内外13个PLRV分离物具有高度同源性。广东省惠州市的疑似病株确定为感染PLRV的马铃薯病株。
岳红,卢其能,赵昶灵[9](2012)在《马铃薯卷叶病毒基因组的结构与功能综述》文中提出马铃薯卷叶病毒是影响马铃薯产量和品质的重要病害之一,对近年来国内外马铃薯卷叶病毒基因组、亚基因组及其功能基因研究的主要成果进行综述,为深入阐明该病毒的致病机理和抗病基因工程育种提供参考。
李云,卢其能,赵昶灵,沈春修[10](2011)在《马铃薯抗卷叶病毒基因工程研究现状》文中进行了进一步梳理综述了马铃薯抗卷叶病毒基因工程的研究进展。在抗马铃薯卷叶病毒基因工程研究中,主要采用RNA干涉、转抗马铃薯卷叶病毒基因、核酶剪切基因组、基因定点突变等方法获得抗马铃薯卷叶病毒植株,已经取得突破性进展。通过对抗病基因工程策略及取得的成效进行概括总结,旨在为抗马铃薯卷叶病毒育种工作提供借鉴。
二、马铃薯卷叶病毒分离株外壳蛋白基因和17k蛋白基因的克隆及序列分析(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、马铃薯卷叶病毒分离株外壳蛋白基因和17k蛋白基因的克隆及序列分析(论文提纲范文)
(1)马铃薯PLRV病毒宁夏分离物外壳蛋白基因CP的克隆与序列分析(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.1.1 试剂。 |
1.1.2 马铃薯病毒样本。 |
1.2 方法 |
1.2.1 马铃薯PLRV病毒的确定。 |
1.2.2 马铃薯总RNA提取。 |
1.2.3 引物设计。 |
1.2.4 RT-PCR扩增。 |
1.2.5 目的条带的回收与T载体克隆。 |
1.2.6 马铃薯PLRV病毒CP蛋白基因序列分析。 |
2 结果与分析 |
2.1 马铃薯总RNA的提取 |
2.2 RT-PCR结果 |
2.3 马铃薯PLRV病毒CP的序列特征 |
2.4 同源性分析及进化树构建 |
3 讨论 |
(2)两种构树双生病毒的分子鉴定与传播方式研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第1章 文献综述 |
1.1 双生病毒的研究概述 |
1.1.1 双生病毒的发生和危害 |
1.1.2 双生病毒的分类和基本特征 |
1.2 双生病毒的检测方法 |
1.2.1 生物学检测法 |
1.2.2 血清学检测法 |
1.2.3 PCR检测及核酸杂交法 |
1.2.4 滚环扩增技术 |
1.2.5 高通量测序技术 |
1.3 双生病毒的传播方式 |
1.3.1 双生病毒的昆虫介体传播 |
1.3.2 双生病毒的种子传播 |
1.3.3 双生病毒的其他传播方式 |
第2章 引言 |
2.1 研究背景及意义 |
2.2 技术路线 |
第3章 构树卷叶样品的检测及验证 |
3.1 材料、仪器与试剂 |
3.1.1 试验材料 |
3.1.2 主要试剂及储备液配制 |
3.1.3 主要仪器设备 |
3.2 试验方法 |
3.2.1 CTAB法提取总DNA |
3.2.2 Trizol法提取总RNA |
3.2.3 EASYspin植物microRNA快速提取试剂盒法 |
3.2.4 高通量测序 |
3.2.5 (RT-)PCR检测 |
3.3 结果与分析 |
3.3.1 高通量测序结果分析 |
3.3.2 Contigs的比对结果 |
3.3.3 候选病原物的确定及(RT-)PCR验证 |
3.3.4 候选病原物与卷叶症状相关性 |
3.4 小结与讨论 |
第4章 构树卷叶病毒1, 2的分子鉴定及序列分析 |
4.1 材料、仪器与试剂 |
4.1.1 试验材料 |
4.1.2 主要试剂及储备液配制 |
4.1.3 主要仪器设备 |
4.2 试验方法 |
4.2.1 CTAB法提取总DNA |
4.2.2 PCR扩增 |
4.2.3 DNA片段的回收 |
4.2.4 连接、转化、克隆 |
4.2.5 基因组滚环扩增 |
4.2.6 限制性酶切 |
4.2.7 生物信息学分析 |
4.3 结果与分析 |
4.3.1 两个双生病毒基因组全长克隆 |
4.3.2 PMLCV-1和PMLCV-2的序列分析 |
4.3.3 内含子预测 |
4.3.4 系统发育分析 |
4.4 小结与讨论 |
第5章 两种双生病毒传播方式的初步研究 |
5.1 材料、试剂与仪器 |
5.1.1 试验材料 |
5.1.2 主要试剂与仪器 |
5.2 试验方法 |
5.2.1 种子传播实验 |
5.2.2 嫁接传播实验 |
5.3 结果与分析 |
5.3.1 常见节肢动物带毒情况检测 |
5.3.2 构树实生苗带毒情况 |
5.3.3 构树实生苗中PMLCV-2全长验证 |
5.3.4 转录组测序结果分析 |
5.3.5 嫁接接种试验 |
5.4 小结与讨论 |
第6章 主要结论与展望 |
6.1 主要结论 |
6.2 展望 |
参考文献 |
攻读硕士学位期间成果及参加科研项目 |
致谢 |
(3)基于转录组与小RNA测序的库尔勒香梨病毒检测(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
主要符号表 |
引言 |
第一章 文献综述 |
1.1 植物病毒检测技术研究进展 |
1.1.1 生物学测定法 |
1.1.2 电子显微镜检测法 |
1.1.3 血清学检测法 |
1.1.4 分子生物学检测法 |
1.1.5 第二代测序检测法 |
第二章 库尔勒香梨转录组测序的分析 |
2.1 材料和方法 |
2.1.1 材料 |
2.1.2 主要的仪器和试材 |
2.1.3 转录组测序及序列分析 |
2.1.4 总RNA提取 |
2.1.5 RT-PCR验证 |
2.2 结果与分析 |
2.2.1 提取RNA检测结果 |
2.2.2 转录组测序结果 |
2.2.3 病毒相关序列注释 |
2.2.4 RT-PCR验证 |
2.3 讨论 |
2.4 结论 |
第三章 库尔勒香梨小RNA测序的分析 |
3.1 材料和方法 |
3.1.1 植物材料 |
3.1.2 方法 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 小RNA测序 |
3.2.2 筛选候选病毒 |
3.3 讨论 |
3.4 结论 |
第四章 全文结论 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
作者简介 |
石河子大学硕士研究生学位论文导师评阅表 |
(4)贵州辣椒RNA病毒种类组成及株系变异研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 文献综述 |
1.1 辣椒病毒病的研究现状 |
1.1.1 病毒检测技术研究进展 |
1.1.2 植物病毒常规的检测技术 |
1.1.2.1 生物学检测 |
1.1.2.2 电子显微镜观察 |
1.1.2.3 血清学检测 |
1.1.2.4 分子生物学检测 |
1.1.3 株系变异研究进展 |
1.2 辣椒主要RNA病毒种类 |
1.2.1 黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV) |
1.2.2 烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV) |
1.2.3 辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus,PMMoV) |
1.2.4 辣椒叶脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus,ChiVMV) |
1.2.5 番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus,TSWV) |
1.2.6 辣椒潜隐病毒1 号和2 号(PCV-1、PCV-2) |
1.2.7 蚕豆萎焉病毒(Broad bean wilt virus,BBWV) |
1.2.8 辣椒叶脉黄化病毒(Pepper vein yellows virus,Pe VYV) |
1.2.9 烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus,TMGMV) |
1.2.10 辣椒环斑病毒(Chilli ring spot virus,ChiRSV) |
1.2.11 芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV) |
1.2.12 甜菜西方花叶病毒(Beet western yellows virus,BWYV) |
1.3 辣椒病毒病种类与地理分布 |
1.4 研究的主要内容 |
1.4.1 辣椒病毒病的毒原种类检测 |
1.4.2 毒原种类组成及分布研究 |
1.4.3 辣椒品种及资源材料抗性评价 |
1.4.4 主要病毒株系分化研究 |
1.5 研究目的与意义 |
第二章 贵州辣椒RNA病毒种类鉴定 |
2.1 实验试剂及仪器设备 |
2.1.1 主要试剂 |
2.1.2 主要仪器设备 |
2.2 试验方法 |
2.2.1 技术路线 |
2.2.2 试验样品采集 |
2.2.3 辣椒RNA病毒的检测 |
2.2.3.1 叶片总RNA提取 |
2.2.3.2 cDNA合成 |
2.2.3.3 RT-PCR检测 |
2.2.3.4 检测引物 |
2.2.3.5 电泳与测序 |
2.3 结果与分析 |
2.3.1 贵州辣椒病毒侵染总检出率 |
2.3.2 单一病毒侵染 |
2.3.3 复合侵染 |
2.4.3.1 两种病毒复合侵染 |
2.4.3.2 三种病毒复合侵染 |
2.4.3.3 四种病毒复合侵染 |
2.4.3.4 五种病毒复合侵染 |
2.4.3.5 六种病毒复合侵染 |
2.4.3.6 七种病毒复合侵染 |
2.4.3.7 八种病毒复合侵染 |
2.4.3.8 贵州各地区复合侵染的主要种类 |
2.3.4 小结与讨论 |
第三章 贵州辣椒CMV、TMV、PMMoV分离物的CP基因序列分析 |
3.1 供试材料 |
3.2 试验方法 |
3.2.1 辣椒总RNA的提取 |
3.2.2 cDNA的合成 |
3.2.3 RT-PCR扩增 |
3.2.4 琼脂糖凝胶电泳检测 |
3.2.5 RT-PCR产物序列测定 |
3.3 结果与分析 |
3.3.1 序列来源 |
3.3.2 贵州辣椒CMV分离物的株系分化 |
3.3.2.1 辣椒CMV分离物CP基因核苷酸及氨基酸序列分析 |
3.3.2.2 聚类分析 |
3.3.3 贵州辣椒TMV分离物的株系分化 |
3.3.3.1 辣椒TMV分离物CP基因核苷酸及氨基酸序列分析 |
3.3.3.2 聚类分析 |
3.3.4 贵州辣椒PMMoV分离物的株系分化 |
3.3.4.1 贵州辣椒PMMoV分离物CP基因核苷酸及氨基酸序列分析 |
3.3.4.2 聚类分析 |
3.3.5 小结与讨论 |
第四章 辣椒品种及资源材料对CMV和 TMV的抗性鉴定与评价 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 材料 |
4.1.2 方法 |
4.1.2.1 种子处理 |
4.1.2.2 供试点选择与鉴定圃设置 |
4.1.2.3 栽培与田间管理 |
4.1.2.4 田间病情调查与统计 |
4.1.2.5 辣椒资源材料抗病性分析及评价标准 |
4.2 结果与分析 |
4.3 小结与讨论 |
第五章 总结与讨论 |
5.1 贵州辣椒RNA病毒种类组成研究 |
5.2 辣椒RNA病毒株系变异研究 |
5.3 资源材料抗性评价研究 |
5.4 本研究的亮点与创新之处 |
5.5 本研究存在的问题与今后打算 |
参考文献 |
致谢 |
附录 |
(5)桃及其野生近缘种中病毒组研究(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
第一章 绪论 |
1.1 本研究的目的及意义 |
1.1.1 本研究的目的 |
1.1.2 本研究的背景及意义 |
1.2 桃病毒研究进展 |
1.2.1 桃病毒种类 |
1.2.2 桃病毒发生分布及危害 |
1.2.3 主要桃病毒的研究现状 |
1.3 植物病毒检测技术研究进展 |
1.3.1 常用检测技术 |
1.3.2 高通量测序技术简介 |
1.3.3 高通量测序检测病毒的方法 |
1.3.4 生物信息学分析 |
1.4 高通量测序技术在植物病毒学研究中的应用 |
1.4.1 果树病害中的病毒鉴定 |
1.4.2 植物病毒群体多样性和演化研究 |
1.4.3 植物与病毒互作研究 |
第二章 桃种质样品中病毒检测 |
2.1 材料 |
2.1.1 桃叶片样品的收集 |
2.1.2 主要的试剂及仪器 |
2.2 试验方法 |
2.2.1 总RNA提取 |
2.2.2 总RNA质量检测、文库构建与测序 |
2.2.3 生物信息学分析 |
2.2.4 病毒验证 |
2.3 结果 |
2.3.1 高通量测序检测桃病毒方法比较 |
2.3.2 RNA-seq检测桃种质样品中的病毒 |
2.3.3 RT-PCR验证 |
2.3.4 桃及其野生近缘种中的病毒种类和组成分析 |
2.4 讨论 |
第三章 桃病毒序列多样性和遗传演化分析 |
3.1 试验数据与方法 |
3.1.1 数据 |
3.1.2 序列多样性及重组分析 |
3.1.3 遗传演化分析 |
3.2 结果 |
3.2.1 桃病毒种群内的序列多样性 |
3.2.2 PaLV的遗传演化分析 |
3.2.3 NSPaV的遗传演化分析 |
3.2.4 PLPaV的遗传演化分析 |
3.2.5 APV1、2、3的多样性和遗传演化分析 |
3.2.6 PNSRV的多样性和遗传演化分析 |
3.2.7 其它桃病毒的多样性和遗传演化分析 |
3.3 讨论 |
第四章 新病毒的鉴定 |
4.1 试验材料及方法 |
4.1.1 植物材料 |
4.1.2 病毒基因组扩增及测序 |
4.1.3 序列分析 |
4.1.4 生物学试验 |
4.1.5 电镜观察 |
4.2 结果 |
4.2.1 桃褪绿叶斑病毒(peach chlorotic leaf spot virus,PCLSV) |
4.2.2 桃病毒1(peach virus1,Pe V1) |
4.2.3 桃病毒2(peach virus2,Pe V2) |
4.2.4 两个斑点病毒属新病毒种 |
4.3 讨论 |
第五章 结论 |
参考文献 |
附录 A |
附录 B |
致谢 |
作者简历 |
(6)利用深度测序技术鉴定枣树及百合病毒(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 引言 |
1.1 植物病毒病 |
1.2 植物病毒的检测与鉴定技术 |
1.3 枣树病毒病研究进展 |
1.4 百合病毒病研究进展 |
1.5 研究目的、意义及技术路线 |
第二章 深度测序鉴定侵染北京地区枣树的病毒 |
2.1 试验材料 |
2.2 试验方法 |
2.3 调查结果 |
第三章 枣树候选病毒的序列克隆及基因组特性研究 |
3.1 材料 |
3.2 候选病毒的序列克隆 |
3.3 结果与分析 |
3.4 总结 |
第四章 百合病毒病调查与候选病毒的基因组特性研究 |
4.1 试验材料 |
4.2 试验方法 |
4.3 结果与分析 |
4.4 候选病毒的数据分析 |
4.5 总结 |
第五章 全文总结 |
5.1 枣树病毒病病原鉴定结果 |
5.2 百合病毒病病原鉴定结果 |
参考文献 |
致谢 |
个人简历 |
(7)辣椒脉黄病毒P4蛋白介导病毒胞间运动功能研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第1章 绪论 |
1.1 黄症病毒科病毒 |
1.1.1 黄症病毒属病毒 |
1.1.2 耳突花叶病毒属 |
1.1.3 马铃薯卷叶病毒属 |
1.2 植物病毒运动蛋白的研究进展 |
1.2.1 植物病毒编码的运动蛋白 |
1.2.2 运动蛋白的分类 |
1.2.3 运动蛋白功能研究 |
1.3 辣椒脉黄病毒研究进展 |
1.3.1 辣椒脉黄病毒的生物学特性 |
1.3.2 PeVYV的基因组特征 |
1.4 辣椒脉黄病毒P4蛋白的研究进展 |
1.4.1 P4蛋白的研究现状 |
1.5 本研究的目的与意义 |
第2章 辣椒脉黄病毒P4蛋白定位于寄主细胞胞间连丝 |
2.1 实验材料与仪器 |
2.1.1 植物材料 |
2.1.2 实验材料 |
2.1.3 实验试剂 |
2.1.4 实验仪器 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 P4基因及跨膜结构域缺失/替代突变子引物设计 |
2.2.2 Pe VYV总 RNA提取 |
2.2.3 cDNA合成 |
2.2.4 P4基因扩增 |
2.2.5 利用Overlap PCR构建P4基因突变子 |
2.2.6 琼脂糖凝胶电泳检测 |
2.2.7 PCR产物的回收 |
2.2.8 连接克隆载体 |
2.2.9 大肠杆菌DH5α感受态细胞制备 |
2.2.10 菌落PCR的验证 |
2.2.11 质粒提取 |
2.2.12 载体构建 |
2.2.13 农杆菌GV3101感受态细胞的制备与转化 |
2.2.14 农杆菌阳性转化菌鉴定 |
2.2.15 浸润本氏烟 |
2.2.16 共聚焦荧光显微镜观察 |
2.3 结果与分析 |
2.3.1 PeVYVP4基因的PCR扩增 |
2.3.2 PeVYVP4基因突变子PCR扩增 |
2.3.3 测序结果 |
2.3.4 PeVYVP4基因及其突变子表达载体构建 |
2.3.5 共聚焦显微镜观察亚细胞定位 |
2.4 讨论与小结 |
第3章 P4蛋白互补CMV运动蛋白缺失突变子的胞间运动 |
3.1 实验材料与仪器 |
3.1.1 植物材料 |
3.1.2 实验材料 |
3.1.3 实验试剂 |
3.1.4 实验仪器 |
3.2 实验方法 |
3.2.1 原核表达载体的构建 |
3.2.2 浸润本氏烟 |
3.2.3 紫外灯观察 |
3.2.4 共聚焦荧光显微镜观察 |
3.2.5 Western Blotting鉴定 |
3.3 结果与分析 |
3.3.1 PeVYVP4基因及其突变子基因PCR扩增 |
3.3.2 原核表达载体构建 |
3.3.3 紫外灯观察蛋白运动情况 |
3.3.4 共聚焦显微镜观察CMV胞间运动 |
3.3.5 荧光灶统计 |
3.4 讨论与小结 |
第4章 P4蛋白互作的寄主蛋白筛选与鉴定 |
4.1 实验材料与仪器 |
4.1.1 植物材料 |
4.1.2 实验材料 |
4.1.3 实验试剂 |
4.1.4 实验仪器 |
4.2 实验方法 |
4.2.1 浸润本氏烟 |
4.2.2 蛋白纯化 |
4.2.3 Western blotting鉴定 |
4.2.4 LC-MS/MS蛋白鉴定 |
4.3 结果与分析 |
4.3.1 Western blotting蛋白鉴定 |
4.3.2 LC-MS/MS鉴定 |
4.4 讨论与小结 |
结论及展望 |
参考文献 |
附录 A:攻读学位期间发表论文 |
附录 B:实验仪器 |
附录 C:试验试剂配置 |
致谢 |
(8)惠州马铃薯卷叶病毒病原分子鉴定及序列分析(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 供试材料 |
1.2 引物的合成 |
1.3 RNA提取 |
1.4 RT-PCR反应体系 |
1.4.1 cDNA合成 |
1.4.2 PCR扩增 |
1.4.3 测序及序列分析 |
2 结果与分析 |
2.1 RT-PCR结果 |
2.2 4个DNA序列和氨基酸的同源性分析 |
2.3 序列同源性及聚类图构建 |
3 讨论 |
3.1 惠州市马铃薯卷叶病毒的分子鉴定 |
3.2 惠州市马铃薯卷叶病毒的可能来源 |
(9)马铃薯卷叶病毒基因组的结构与功能综述(论文提纲范文)
1 基因组及亚基因组的结构 |
1.1基因组的结构 |
1.2亚基因组的结构 |
2 功能基因 |
2.1 ORF 0 |
2.2 ORF1 |
2.3 ORF 2 |
2.4 ORF3 |
2.5 ORF4 |
2.6 ORF5 |
2.7 ORF6 |
2.8 ORF7 |
2.9间隔区基因 |
3 讨论 |
(10)马铃薯抗卷叶病毒基因工程研究现状(论文提纲范文)
1 RNA干扰 |
1.1 影响干涉效率的因素 |
1.1.1 构建RNA干涉载体 |
1.1.2 RNA干涉片段长度 |
1.1.3 RNA干涉片段的保守性 |
2 转基因 |
2.1 PLRV基因片段的克隆及转化 |
2.1.1 ORF2a |
2.1.2 植物抗体介导的抗性 |
2.2 ORF2b |
2.3 间隔区 (IS) 转化的抗病性 |
2.4 亚基因组 (sgRNA) |
2.4.1 ORF3和ORF5 |
2.4.2 ORF4 |
2.5 转马铃薯抗PLRV基因 |
2.6 转外源抗PLRV基因 |
3 核酶 |
3.1 影响核酶剪切效果的因素 |
3.1.1 核酶酶环 |
3.1.2 核酶的两臂长度 |
3.1.3 RNA底物分子的剪切位点 |
3.1.4 RNA底物分子的长度 |
4 基因定点突变 |
4.1 P0基因的定点突变 |
4.2 P1多聚蛋白基因的定点突变 |
4.3 复制酶基因的定点突变 |
4.4 亚基因组调控元件的定点突变 |
4.5 前导序列的定点突变 |
5 抗PLRV杂交育种 |
6 结论 |
四、马铃薯卷叶病毒分离株外壳蛋白基因和17k蛋白基因的克隆及序列分析(论文参考文献)
- [1]马铃薯PLRV病毒宁夏分离物外壳蛋白基因CP的克隆与序列分析[J]. 陈晓军,郭成瑾,王喜刚,沈瑞清. 安徽农业科学, 2021(11)
- [2]两种构树双生病毒的分子鉴定与传播方式研究[D]. 邱远健. 西南大学, 2021(01)
- [3]基于转录组与小RNA测序的库尔勒香梨病毒检测[D]. 杨洁萍. 石河子大学, 2020(08)
- [4]贵州辣椒RNA病毒种类组成及株系变异研究[D]. 付尚松. 贵州大学, 2020(02)
- [5]桃及其野生近缘种中病毒组研究[D]. 周俊. 中国农业科学院, 2020
- [6]利用深度测序技术鉴定枣树及百合病毒[D]. 闫晨鸽. 北京农学院, 2020(02)
- [7]辣椒脉黄病毒P4蛋白介导病毒胞间运动功能研究[D]. 李桑桑. 湖南大学, 2020(08)
- [8]惠州马铃薯卷叶病毒病原分子鉴定及序列分析[J]. 陈兆贵,施招婉,陈静敏. 作物杂志, 2012(04)
- [9]马铃薯卷叶病毒基因组的结构与功能综述[J]. 岳红,卢其能,赵昶灵. 江苏农业科学, 2012(04)
- [10]马铃薯抗卷叶病毒基因工程研究现状[J]. 李云,卢其能,赵昶灵,沈春修. 黑龙江农业科学, 2011(09)